SDS-PAGE
1. 개요
'''S'''odium '''D'''odecyl '''S'''ulfate - '''P'''oly'''A'''crylamide '''G'''el '''E'''lectrophoresis의 줄임말이다.
DNA의 경우에는 전기영동을 할 때 한천을 Gel[1]로 사용하지만, DNA보다 크기가 작은 '''단백질'''들은 한천에 걸러지지 않는다. 그렇기 때문에 이보다 더욱 촘촘한 구조로 되어 있는 Acrylamide Gel을 사용한다.
이 Acrylamide는 중합을 형성하여 Polyacrylamide라는 물체가 되고, 그물 형태가 되어 물체를 거른다. 만약 Gel에서 Acrylamide의 농도가 높을 수록 그물이 촘촘하게 형성되어 크기가 더 작은 샘플을 걸러 낼 수 있기 때문에, 샘플의 크기에 따라 농도를 달리 해서 사용한다.
단백질은 종류에 따라서 전하와 접힌 모양이 매우 다양하다. 그래서 전기영동을 하기 전에 'SDS'라는 계면활성제를 사용하여 음전하 코팅을 하고, 열처리를 하여 단백질을 풀어준다.[2]
2. 구조
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SDS-PAGE를 할 때 사용하는 Gel은 이렇게 생겼다.
2.1. Buffer
완충용액이라고도 불리는 Buffer는 글리신, 베타-메르캅토 에탄올[3], EDTA, 브로모페놀블루[4], Tris-HCl[5] 로 구성되어 있다.
2.2. Gel
Gel이 불연속적인 형태로 되어있다. 단백질을 모아주는 Stacking 부분과 샘플들의 분리가 이루어지는 Separating 부분으로 나눌 수 있다.
Gel에 전기를 가해주면 본격적인 전기영동이 일어니게 되는데, 첫번째로는 Buffer가 샘플들을 밀면서 이동하여 Stacking과 Separating의 사이 부분에 샘플을 모아준다.[6] 이때 심플을 모아 준다는 의미에서 'stacking'이라고 한다.
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출발점이 같아진 샘플들이 실질적으로 전기영동을 하게되는 부분은 Separating 부분이다. 이때 Buffer는 속도가 빠르기 때문에 먼저 아랫쪽으로 빠져나가게 된다.
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[1] agarose gel[2] 접힌 helix의 3차 구조 단백질을 linear 형태의 1차 단백질로 바꿔준다.[3] 단백질 분자 내 disulfide bond를 제거시켜주는 환원제이다.[4] 지시약의 한 종류. C19H10Br4O4S[5] pH 6.8[6] 이는 샘플들을 한 곳에 모아서 실험을 더욱 정확하게 해 준다. 달리기 시합을 할 때 출발점을 같게하는 것과 같은 의미이다.