레이튼 교수 VS 역전재판/스토리
전체적인 스토리는 '장'으로 구분되는 레이튼 시리즈를 따르고 있으며 역전재판 시리즈의 탐정 파트같이 현장을 조사하는 파트와 역전재판 시리즈 법정 파트를 진행하는 파트가 구분되어 있는 것은 역전재판 시리즈를 따르고 있다. 단 탐정 파트는 탐정 파트가 아닌 퍼즐 파트인데, 레이튼 교수 시리즈 느낌으로 퍼즐을 풀어 가며 진행하는 방식을 따르고 있다.
레이튼 교수의 기존 진행방식을 말하는 '퍼즐 파트'와 역전재판의 기존 진행방식이었던 '탐정 파트'는 주변을 터치해서 조사하는 것은 동일하지만, 주변을 조사해서 증거물을 얻지 않고 반짝코인을 얻거나 수수께끼를 풀게되며, 역전재판의 탐정 파트에서는 등장인물이 그 지역에 대기하면서 증거물을 제시하거나 질문을 하는 것이 가능하지만 본 작의 퍼즐파트는 레이튼 교수를 따랐기 때문에 그것이 불가능하고 등장인물을 터치하면 선택지가 없는 일방적인 대화만 가능하다.
마지막 두 장은 퍼즐 파트와 법정 파트가 섞여있는 구조를 취하고 있다.