프랑켄이 라이의 집사가 된지 10년째. 프랑켄은 라이와 함께 살면서 더 이상 힘에만 집착하지 않게 되었다. 한편 록티스를 비롯한 여섯 가주들은 자신들의 계획에 걸림돌이 될 프랑켄을 정당방위를 가장해 죽이기로 한다. 평소에 프랑켄을 혐오하던 우로카이가 이 역할을 맡기로 하고, 대련중에 프랑켄의 제자의 유품을 보여줘서 도발한다. 그 결과 프랑켄이 폭주해 우로카이의 눈을 다치게 한다. 하지만 라이와 전대 로드가 개입하는 바람에 프랑켄을 제거하지 못했다. 뿐만 아니라 이 일을 계기로 라이와 프랑켄이 계약을 맺는다. 그리고 우로카이는 겉으로는 반성하는 태도를 보였지만, 프랑켄에 대한 악감정은 한층 더 악화되었다.
이후 현재 시점으로 돌아와서, 라이 일행은 새로 들어온 케르티아 형제와 함께 일상을 보내고 있었다. 라이는 프랑켄이 크롬벨과 거래할 때 M-21과 M시리즈의 이름을 요구하는 것을 허락한다. 세이라를 사모하는 라엘은 신우에게 질투심을 느끼기도 하고, 라이에게 연애 상담을 받아보기도 한다.
하지만 닥터 크롬벨이 록티스의 딸 이그네스를 부추겨 한국으로 보내면서 라이 일행의 평온한 일상이 또다시 깨진다. 이그네스가 세이라를 실험체로 납치해가고, 라엘과 레지스도 세이라를 구하러 갔다가 납치당해 실험체가 된다. 라이, 프랑켄, 라자크는 라엘이 남긴 흔적을 따라 록티스 일파의 본거지에 들어온다. 그리고 5장로와 웨어 울프 켄타스도 웨어 울프 로드인 2장로의 명령에 따라 록티스 일파를 조사하러 온다.
라이가 없는 동안 유리와 마크는 경비 3인방을 위협하러 예란고에 오지만, 때맞춰서 나타난 카리어스 때문에 체면만 구기고 물러난다. 그리고 카리어스는 경비 3인방을 돕기 위해 예란고에 다니며 인간계 생활을 즐긴다.
라이 일행과 록티스 일파가 충돌한 결과 9장로는 프랑켄의 다크 스피어에 흡수당하고, 록티스는 라이에게 강제 영면당한다. 하지만 제 아비 목숨과 맞바꿔 살아남은 이그네스가 도망치기 위해 무자카를 깨운다. 5장로와 켄타스는 무자카가 살아있었다는 사실에 경악, 2장로에게 보고하기 위해 후퇴한다. 라이는 무자카와 대화를 시도하나, 무자카가 제정신이 아니었기 때문에 소용없었다. 무자카는 라이와 싸우다 상처를 입고 물러났지만, 라이는 봉인까지 풀어가며 힘을 쓴 탓에 몸이 너덜너덜해진다. 라자크는 수색을 위해 남기로 하고, 라이 일행은 도우러 온 타오, 타키오와 함께 돌아간다.
1장로와 같은 파벌인 3장로는 크롬벨과 거래를 해서 수석 과학자 자리와 비밀 자료를 열람할 수 있는 권리를 주기로 한다. 하지만 그냥 크롬벨을 수석 과학자로 임명하면 2장로가 인정하지 않을 것이다. 그래서 형식적으로는 크롬벨이 장로 회의에서 수석 과학자 자리를 요구하고 1장로와 3장로가 승낙하기로 한다. 1장로는 3장로와 5장로가 한국에 가 있으니 두 장로의 의견을 들은 후 결정하자며 시치미를 뚝 떼고 연기를 한다. 크롬벨은 3장로가 보여준 비밀 자료를 통해 노블레스와 무자카의 존재를 알았고, 부하에게 무자카를 생포하라고 명령한다.
라이는 연이은 전투로 인해 수명이 1주일도 남지 않게 되었다. 프랑켄은 잠시라도 수면기에 들라고 권하지만, 라이는 지금의 몸 상태는 수면기에 들어도 나아지지 않으며, 수면기에 들면 지금의 생활을 포기해야 한다고 반론한다. 라엘은 라이가 자기들을 구하느라고 얼마 안 남은 생명력을 쓴 탓에 수명이 줄어들었다는 것을 알고 충격을 받는다.
3장로와 5장로는 한국에서 라이와 무자카의 행적을 조사하던 중에 카리어스와 싸우게 된다. 카리어스는 두 장로를 상대로 고군분투 하지만 조금씩 밀리다가 결국 큰 부상을 당한다. 그와 동시에 현 로드 라스크레아가 등장한다. 3장로는 지금은 물러나야할 때라고 5장로를 설득한다. 그리고 라스크레아에게 인사를 올린 후 저희들은 이만 물러나겠다고 하지만, 라스크레아는 내가 너희 말을 따라야하냐고 공격 태세를 갖춘다. 3장로/5장로는 5장로가 라스크레아에게 원거리 공격을 날린 틈을 타서 도망친다. 물론 라스크레아는 순순히 당하지 않고 라그나로크로 붉은 검기를 날린다. 간신히 공격을 피해 도망친 3장로/5장로는 라스크레아의 힘에 당혹감을 금치 못한다.
한편 M-21, 타오, 타키오는 프랑켄에게 도움을 청하러 가던 도중 켄타스와 싸우게 된다. 켄타스는 M-21이 웨어 울프의 힘을 사용해 자신의 공격을 막아내자 경악한 표정을 보인다. M-21을 인간들이 웨어 울프를 흉내내 만든 개조인간으로 판단한 켄타스는 그 역겨운 모습을 이 세상에서 지워주겠다며 본모습을 드러낸다. 그 와중에도 M-21은 진짜 웨어 울프를 만난 것에 혼란스러워한다. 타키오는 켄타스에게 쌍권총 공격믈 퍼붓고, 타오는 와이어로 켄타스를 감전시킨다. M-21은 자신이 충격에 빠져 멍때리고 있을 동안 대신 싸우며 "너는 해야 할 일(이름 찾기)이 있지 않느냐, 도망쳐라"며 어떻게 해서든 켄타스의 발목을 잡아보려는 타오와 타키오의 모습을 보고 또다시 동료를 잃을 수 없다며 드디어 각성한다. 하지만 전대 가주급 힘을 갖춘 켄타스를 이기지는 못한 데다 각성 시간이 다 되어 변신이 풀렸다. 다행히 게슈텔이 끼여든 덕분에 켄타스가 물러났다.
라스크레아는 약해진 라이를 보고 한심하다고 비난한 후, "얼마 전 끝내지 못한 너와의 일을 끝내러 왔다" 며 전대 로드가 라이에게 맡겼던 라그나로크를 꺼낸다. 그리고 라그나로크로 라이의 생명력을 채웠다. 라이는 라스크레아가 로드인 그녀에게 허락된 힘을 포기한 것에 언짢아했지만, 라스크레아는 그런 힘은 필요없다고 말대꾸했다. 조금 후에 전대 로드의 영혼 조각이 나타나 라이와 라스크레아에게 메시지를 전했다.
유리는 크롬벨의 명령대로 무자카를 유니온 지부로 유인한다. 크롬벨은 무자카에게 딸의 복수를 돕겠다고 제안한다.
몸이 어느 정도 회복된 가드 3인방은 다시 예란고로 출근한다. 라이, 레지스, 세이라 역시 등교하기 로 하고, 현관에서 기다리는 친구들을 맞이한다. 그리고 시즌 6 종료.
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