니어:오토마타/스포일러

1. 연극 '요르하'

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디렉터 요코오 타로가 쓴 연극 각본이 하나 있는데 여기서 나오는 극중 인물과 시간적 배경이 '''오토마타'''의 직전이다. 오토마타의 시열대는 11,945년과 14차 기계전쟁을 다루고 있는데, 이 '요르하'라는 작품의 시열대는 오토마타로부터 4년 전인 '''11,941년'''이며, 마찬가지로 14차 기계전쟁을 언급하고 있다. 따라서 요르하의 작중 등장하는 요르하 ATTACKER 2호는, 오토마타의 요르하 A2와 동일인물로 짐작된다.
레플리칸트와 오토마타의 간격이 약 8,000여년이기에 스토리 상 직관적인 부분은 이 '요르하'라는 이름의 연극이라고 볼 수 있다. 제14차 기계병기전쟁은 11,939년부터 시작해서 11,945년까지 6년 동안 일어난 전쟁이며 연극 요르하도 제14차 기계병기전쟁의 일부에 속한다. 11,941년 12월 8일에 결행한 이 작전의 명칭은 진주만 강하 작전[1]이다.
극 중 인류는 기계생명체의 침략으로 지구에서 달로 도망쳤고, 수천 년 뒤 안드로이드들이 인류를 대신해 기계생명체와 싸워간다는 배경이 서술되는데 이는 오토마타와 동일하다. 이후 지구 탈환을 위해 안드로이드 강하 부대가 준비되는데 이때 A2[2]가 이들의 대장으로 선발된다.[3] 그러나 16인으로 구성된 이 부대는 강하 도중 큰 피해를 입고 A2를 포함한 4명[4]만 살아남게 된다.
이들은 기지와 통신을 시도하지만 노이즈만 심할 뿐 아무런 응답도 받을 수 없었다. 한편 A2 일행은, 무장한 구식 안드로이드들에게 둘러 싸이는데 이들은 200년 전 강하작전에서 살아남은 생존자들이었다. 이들 구식 안드로이드 생존자와 레지스탕스[5]의 도움을 받은 A2 일행은 적의 본거지 지하 서버룸에 도착하고[6] 두 명의 붉은 옷의 소녀들과 조우한다.
붉은 옷의 소녀는 기계생명체들을 이용해 차례대로 A2 일행을 쓰러뜨리면서 A2에게 자폭해보라고 조롱한다. 이때 쓰러진 4호가 A2를 대신해서 자폭하고 엄청난 폭발 속에서 A2는 살아남는다. 다가오는 잔존 기계생명체를 한순간에 베어버린 A2는 누군가를 향하듯, 하늘을 바라보며 칼을 치켜세우고 연극은 막을 내린다. 여러모로 A2의 과거 내력에 대해 알 수 있는 연극. 특히 본편에서 설명되지 않았던(본편의 아네모네의 단말기나 아카이브에도 안써있다) A2와 N2의 관계, A2가 사령부를 싫어하는 이유에 대해 자세히나온다.
벙커에서는 이 모든 상황을 모니터링 하고 있었고 오퍼레이터 후타바와 요츠바는 사령관에게 위성 레이저 공격을 해 줄 것을 필사적으로 요청하지만 사령관은 전혀 들어주지 않는다. 사실 사령관 역시 인류 회의에 요르하 부대의 구원을 요청했으나 인류 회의에서는 모든 요청을 거부한다. 요청을 들어주지 않으면 사령관직을 사퇴하겠다고 했으나 사령관 임명은 사령부의 권한이라며 이마저도 거부당한다. 서버룸의 폭발 후 사령관이 씁쓸하게 오퍼레이터들에게 괜찮냐고 물었으나 요르하 부대에 그토록 애착을 보였던 오퍼레이터들은 전혀 아무렇지 않은 듯 한 반응을 보인다. 알고보니 정기 점검 과정에서 요르하 계획의 목적대로 이전 기억이 삭제된 것이었다.
이 연극의 주인공 A2를 연기했던 엔도 루카(遠藤瑠香)는 일본판 니어 오토마타에 목소리 출연을 했다.(#) 3월 4일 방송에서 요코오 타로씨가 밝히길 자원회수 유닛의 방송 메시지를 담당했다고 한다.
부대가 전멸했지만 A2는 생존해버려 후술할 요르하 계획의 '최종 목적'에 어긋나기 때문에[7] 그녀를 처분하기 위해 추적 부대를 보내면서 작중 시점까지 추적을 피해 도망다니는 도피 생활을 했던 것으로 보인다. 숲에서 2B, 9S와 교전 후 '배신한 것은 사령부다'라고 말한것도 바로 이러한 맥락에서 비롯된 것.
다만 원흉인 요르하 부대에 직접적인 원한을 가지진 않은 듯하며 전사한 부대원의 의지를 이어받아, 혹은 독자적인 판단하에 기계생명체 사냥을 하고 있었던 듯하다.[8]
참고로 3회차 이후 발생하는 부가 퀘스트 '아네모네의 과거'를 클리어하면 레지스탕스 캠프의 컴퓨터에서 연극에 실린 스토리를 볼 수 있다. 일단 게임에 실린 정사(正史)인 만큼 스토리를 참고할 생각이면 이쪽을 참고하자. 아카이브로 등장인물 정보까지 모두 얻을 수 있다.

2. 엔딩

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1회차(A루트)는 2B의 시점에서, 2회차(B루트)는 9S의 시점에서 시작된다. 그리고 3회차는 '''1~2회차(2B & 9S)''' 이후의 이야기를 다루며 A2와 9S의 시점을 번갈아 가면서 진행된다.

A엔딩	flowers for m[A]chine	#	1회차 클리어
B엔딩	or not to [B]e	#	2회차 클리어[9]
C엔딩	meaningless [C]ode	#	3회차 마지막으로 A2를 플레이
D엔딩	chil[D]hood's end	#	3회차 마지막으로 9S를 플레이
E엔딩	The [E]nd of YoRHa	#	C엔딩과 D엔딩 클리어[10]

이후 F 엔딩부터는 시크릿 엔딩으로, 진엔딩같은 게 아니라 미션 중 특정 조건을 만족하면 해금되는 엔딩으로서 텍스트 몇 줄과 함께 요르하 리부팅 화면이 뜬 후 빛의 속도로 크레딧이 뜨게 된다는 것이 공통이다. 그리고 해금 조건이 하나같이 어처구니없다보니 사실상 개그 엔딩이나 다름없다는 점도 공통.[11] 그러나 모든 엔딩이 전부 개그 상황인 것은 아니다. 시간 내에 이벤트를 클리어하지 못하면 보는 엔딩도 있고, 본편과 크게 연관은 없으나 보러 가는 과정에서 본편 엔딩보다 '''더 막장에 시궁창인 상황'''도 있다.[12] 각 엔딩을 해금하는 도전과제도 있다.

• F엔딩 : mission [F]ailed 영상

초대형 병기를 이끄는 기계생명체에게 요르하 부대는 열세를 면치 못한다. 요르하 부대의 괴멸도 시간 문제일 것이다. 인류 영광의 길은 끊어졌다.

: 마르크스 해킹 후 제한시간을 초과하면 발생한다.

• G엔딩 : hun[G]ry for knowledge 영상

「기계생명체에 대한 흥미를 더는 억누를 수 없어요. 독립해서 제 마음 내키는 대로 연구하겠습니다.」라는 말을 남기고 9S는 모습을 감추었다.

: 2회차 플레이 시작 시점에서 21O와의 교신 후 다른 길로 가버리면 발생한다. 9S가 기계생명체에 대한 호기심을 주체하지 못해 요르하 부대를 탈주 후 스스로 기계생명체에 대해 알아본다는 내용의 엔딩.

• H엔딩 : a mountain too [H]igh 영상

2B와 9S의 임무 포기로 인해 폐허 도시, 레지스탕스 캠프는 큰 타격을 입었다.

요르하 부대의 괴멸도 시간 문제일 것이다.

: 마르크스 출현 긴급통신 후 다른 길로 가버리면 발생한다. 공략을 잘 모르는 초보라면 갈림길 중 어디가 맞는 길인지 몰라서 맞다고 생각해서 가다가 이 엔딩이 뜨는 경우도 있으니 출발 전에 파스칼 마을에서 저장을 한 번 하고 가길 추천한다. 사실 이런 샛길 엔딩들은 보통 잘못된 길로 가게 되면 (대개 포드가) 경고를 주기 때문에 경고를 줄 때 눈칫껏 발걸음을 멈추고 왔던 길을 되돌아가면 엔딩으로 넘어가는 것을 피할 수 있을 것이다. 물론, 꼭 이런 상황에 대비하기 위함이 아니라 평소에도 세이브를 틈틈히하는 습관을 들이는 것도 좋다.

• I엔딩 : no [I] in team 영상

2B가 떠난 후, 9S는 수십 년 동안 그녀를 기다렸지만 2B가 모습을 드러내는 일은 없었다.

: 아담 격파 후 9S를 버리고 떠남. 9S만 그 자리에 못박혀 수십 년 동안 2B를 기다리는 막장 엔딩이다.

• J엔딩 : bad [J]udgment 영상

갑자기 부아가 치민 2B에게 기계생명체는 전멸. 안드로이드와의 평화는 찾아오지 않았다……

: 파스칼 합류 후 사제 등장 시 파괴. 갑자기 부아가 치민(…) 2B가 신자들을 쓸어버리는 바람에 평화협정이고 뭐고 없이 몰살루트를 탄다는 엔딩이다.

• K엔딩 : aji wo [K]utta[13] 영상

호기심을 억제하지 못하고 전갱이를 먹어 버렸다. 그러자 바로 체액 응고가 시작되고, 전신의 근육이 경직되고 있다는 것을 알았다.

……'''과연 맛있군'''. 인류가 식용으로 삼았던 것도 수긍이 가. 희미해져 가는 의식 속에서 안드로이드는 그런 생각을 했다.

: 전갱이 엔딩, 잭애스에게 대접받은 전갱이를 먹음. 아시다시피 안드로이드는 인간이 먹는 음식을 먹을 수 없다. 그런데도 죽어가는 와중에도 전갱이의 맛에 감탄하는 점이 포인트. 보통 니어 오토마타에서 전갱이 관련 드립이 나오면 이 엔딩과 관련된 엔딩이다. 니어 오토마타 최고의 개그 엔딩.

• L엔딩 : [L]one wolf 영상

모든 것에 싫증이 난 2B는 임무를 포기하고, 바닷가에서 낚시를 하기로 했다. 그래, 어부가 되자. 2B의 얼굴에는 웃음이 가득했다.

전장에서 도망친 후로 10년, 2B는 기계생명체와 요르하 암살 부대에게 쫓기는 몸이 되었다. 하지만, 그녀는 도피행을 즐기고 있는 것 같다.

: 1회차 진행시 캠프 공격 이벤트 발생 이후 작전 지역 이탈. 뜬금없이 어부가 되는 2B가 포인트. 대부분의 초심자들이 보스전에서 고전하고 재보급하려다 이탈하여 해당 엔딩을 보는 경우가 많으니 주의. 1차 보스전 완료 후 벙커로 이동하여 재보급하는 것이 안전하다.

• M엔딩 : Break Ti[M]e 영상

A2는 갑자기 산책을 하고 싶어졌다. 만족했을 무렵, 파스칼 마을은 이미 멸망한 상태였다.

: 3회차 시 파스칼의 마을이 공격당하는 중 마을로 가지 않음. 정확히는 제자리에 가만히 있는 게 아니라 목적지가 아닌 다른 방향으로 가면 뜬다.

• N엔딩 : [N]o man's village 영상

적의가 없는 기계생명체의 마을은 폭주한 안드로이드에 의해 전멸했다.

이리하여 평화적인 기계생명체는 구축당했다. 아무도 찾아오지 않게 된 마을 안에서 가끔씩 안드로이드의 웃음소리가 들린다고 한다.

: 파스칼의 마을에서 기계생명체 전멸시키기

• O엔딩 : just y[O]u and me 영상

일부 요르하 기체가 작전을 포기했다. 그 결과 안드로이드들은 붕괴하고 지상은 기계생명체의 낙원이 되었다.

: 3번째 플레잉 시 초반 퀘스트 중 작전구역 이탈, 또는 3회차 초반 2B와 다른 요르하 안드로이드들이 논리 바이러스에 당했을 때 2B를 놔두고 다른 안드로이드들만 해킹해 치료함.

• P엔딩 : corru[P]tion 영상

바이러스는 2B의 중추 신경까지 침입했다. 이성을 잃은 그녀는 동력이 바닥날 때까지 폐허를 떠돌았다.

: 3회차에서 목표 지점에 도달하지 못하고 해킹 오염도 100%를 채움. 오염도는 특정 구간에서 큰 폭으로 증가하다 최종 목적지인 상업 지구 앞 다리 위에서 (그 전에 몇 % 오염 되었는지는 관계없이) 90%를 돌파하기 때문에 해당 엔딩을 보려면 살짝 귀찮더라도 수몰 도시에서 100%가 찰 때까지 묵묵히 기다리는 것보다 상업 지구 앞 다리까지 이동하는 것이 좋다.

• Q엔딩 : [Q]uestionable actions 영상

9S는 갑자기 2B에 대한 흥미를 잃었다. 이유는 알 수 없지만, 모든 것에 흥미를 잃은 것이다.

: 3회차에서 지상에 내려온 9S가 목표지점 반대방향으로 이탈

• R엔딩 : mave[R]ick 영상

뭔가를 떠올린 A2는 갑자기 기계생명체를 파괴하기 시작했다. 파스칼은 아연실색하며 그 모습을 바라보았다.

: 3회차 시 파스칼의 마을이 공격당하는 중 파스칼 마을의 아이 공격. 정확히는 파스칼의 마을에서 폭주한 기계생명체들을 정리한 후에 파스칼과 함께 공장 폐허로 피난 간 아이들을 공격하면 발생한다.

• S엔딩 : city e[S]cape 영상

분투하는 데볼/포폴을 남겨두고 9S는 떠났다. 물론 데볼/포폴은 죽었다.

: 데블/포폴 퀘스트 후 작전구역 이탈

• T엔딩 : fa[T]al error 영상 : OS칩 제거

【위험】【취급주의】

OS 칩은 결코 제거하지 마십시오. 제거하면 사망합니다.

• U엔딩 : deb[u]nked 영상 벙커에서 자폭하기.

벙커에서 자폭했다. 연쇄 폭발로 인해 벙커가 붕괴. 낙하하는 모습은 마치 유성 같았다고 전해진다.

벙커에서의 자폭 행동. 우주 공간에 내던져진 사령관이 귀신 형상으로 허공을 바라보고 있었다……

자폭하며 생긴 폭발로 인해 벙커가 폭발해서 지상으로 떨어지고, 벙커가 폭발하는 바람에 우주 공간에 튕겨나간 사령관이 굳은 얼굴로 이 쪽을 보고 있었다는 내용의 엔딩. 자폭하면 치마가 벗겨진다는 것만 알고 이 엔딩을 모르는 사람들이 프롤로그 후 벙커에서 깨어나자마자 팬티보겠다고 자폭했다가 뜬금없이 이 엔딩이 떠버리는 사례가 간혹 있다. 대개 저장도 안 하고 이 짓을 했다가 프롤로그부터 다시 하는 꼴이 되어버리니 프롤로그 끝났으면 얌전히 저장하고 지상에 내려가서 벗도록 하자.

• V엔딩 : reckless bra[V]ery 영상

9S는 탑의 해킹을 중지하고 싸우는 데볼/포폴을 응원하기 시작했다. 결국, 당연하게도 적의 수에 밀려 3명은 압살당했다.

중앙탑을 해킹하지않고 데블/포폴이 쓰러질 때까지 구경(…)하거나 함께 싸우기

• W엔딩 : broken [W]ings 영상 :

요르하 부대는 괴멸했다…… 이렇게 지구는 로봇들의 낙원으로 변해갔다……

프롤로그의 공장 스테이지를 깨기도 전에 죽어버리기. 굳이 챕터 선택도 못 하는 1회차에서 보고자한다면 가급적 게임을 시작하자마자 비행 모드일 때 레이저에 몸을 던져서 죽는 것이 가장 빠른 방법이다. 근데 보통 초심자들은 이런 엔딩이 있는 지도 모르고 있다가 끝자락에서 엥겔스한테 죽어서 해당 엔딩을 보는 일이 허다하다...

• X엔딩 : time to rela[X] 영상 :

A2는 갑자기 산책을 하고 싶어졌다. 만족했을 무렵, 2B는 기계생명체에게 갉아 먹혀 사라져 있었다.

A2 조작으로 바뀐 후 현수교까지 가서 쉬기

• Y엔딩 : head[Y] battle 영상

폭주한 에밀이 융합로를 폭주시켰다. 이 지구는 이제 생물이 살 수 없는 별이 되어버렸다.

: 이벤트 시 자폭을 막지 않기
에밀의 결의. 이 엔딩의 경우 '지구째로 박살나는 엔딩'이다. 한국/일본어판에서는 '에밀의 자폭으로 지구는 생명이 살 수 없는 별이 되었다' 고 짧게 끝나지만, 영문판에서는 '에밀은 이 행성을 죽은 돌덩이로 바꾸어, 냉담한 우주의 끝없는 진공 속에서 떠돌게 만들었다.'는 한층 문학적으로 비참한 묘사로 초월번역되었다.

• Z엔딩 : over[Z]ealous 영상 :

A2는 파스칼을 파괴했다. 그 후, 파스칼의 죽음으로 기계생명체의 마을이 붕괴하고 폭주를 일으켜 지상의 안드로이드는 전멸하게 된다.

3회차 A2 지원 루트에서 레지스탕스 캠프에서 파스칼을 도와준 후 "불허" 선택, 파스칼 공격

엔딩이 알파벳 순이라 Z엔딩까지 있을꺼라는 우스갯소리도 나왔는데… 진짜로 모든 알파벳 엔딩이 있었다.(…)

니어 오토마타 A~Z 엔딩 모음
일본어판

'''「인형, 인간, 기계」'''

- ''''전작 레플리컨트의 천사어''''로 적힌 니어:오토마타의 핵심 키워드.

3. 전작과의 연계점

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니어:오토마타는 니어 레플리칸트의 D엔딩에서부터 이어지며, 결국 누구도 이 참사를 막지 못한 끝에 서로가 최악의 길로 치닫고 말았다.
전작과 직접적으로 연결되는 부분은 에밀 뿐이다. 작중 언급되는 에밀의 회상이나 설정 등에서 미루어 볼 때 전작의 D엔딩 에필로그에 해당하는 소설 '잃어버린 세계'인 엔딩 E도 정사로 보인다. 문제는 결과적으로 이 때문에 에밀은 비교적 곱게 간 것으로 추측되는 전작의 동료들과 달리 나락으로 추락하고 말았다.(…)
간접적으로 연결되는 부분은 다른 구역을 관리하는 안드로이드였던 '''다른''' 데볼 & 포폴 자매이다. 잃어버린 세계의 설정에 따르면 게슈탈트 계획은 구역별로 분리되어 관리 중이었으나 그녀들의 과거에 따르면 다른 구역의 관리 실패도 언급하고 있다. 즉, 사실상 전 구역이 전작과 비슷한 절차를 밟고 죄다 계획 실패를 해서 기껏 구역을 나눈 의미가 없던 것이었다.[14] 애초에 예외도 아니고 대다수의 레플리칸트에 혼이 생긴 시점부터 다른 구역들만 정상적으로 돌아가리라는 기대를 하기 힘든 상황이었다.
결과적으로 전작 게슈탈트 계획 실패의 여파로 4198년 마지막 게슈탈트가 사망하면서 '''인류는 정말로 전멸, 멸망했으며, 요르하 부대가 지키던 인류 따위는 이젠 존재하지 않는 상태'''였다.[15] 5012년 7월 4일 이성인 침공 시점에 인류는 이미 약 800년 전에 멸망한 상태였으며 정황상 이때 남은 안드로이드들이 원인류 및 레플리칸트의 유전자 정보 등 몇몇 데이터를 월면에 있는 저장장치에 보존한 것으로 보인다.연표에 따르면 5013년 "인류군"이 창설되며, 이 때부터 전투형 안드로이드들의 신규 생산도 같이 시작된다. 월면 기지 건설과 인류 관련 정보의 보존이 이루어진 시점은 5100년 경이다.
요르하 계획의 수립 시점은 특정되지 않으나, 참고할 만한 연표 자료로, 블랙박스 시스템의 완성 년도는 11928년이고 이 블랙박스 시스템을 탑재한 요르하 기체의 생산은 11932년에 시작된다. 이후 자동보병인형 '요르하'가 비로소 완성된 시점은 11937년. 요르하 계획 자체는 인류의 정수 보호와는 아무 상관 없다. 이미 요르하 계획이 고안되기 전부터 월면기지 자체는 존재했으며[16] 요르하 계획은 기본적으로는 기계생명체의 코어에서 추출한 무언가를 가지고 만들어낸 고성능 부속품인 블랙박스 시스템을 이용해 강력한 안드로이드 개체를 생산하되, 이 고성능 개체들의 특수한 능력으로 인해 인류가 이미 멸종했다는 사실이 들통나지 않게끔 하는 자폭 계획을 포함하고 있었던 것이다. 2E(작중 2B)의 9S 살해도 이 계획의 하부 항목에 해당한다고 볼 수 있는데, 요르하 부대 전체의 폐기가 이루어지기 이전에 개별 안드로이드가 기밀 정보에 도달할 경우 은밀히 제거하는 것이다.
기계생명체의 경우 모든 개체들이 지구에서 5024년 이래 제조됐다.[17] 에밀 퀘스트를 진행하면 밝혀지는 사항이지만 애초에 이성인들은 침공 당시 처음에는 기계생명체라는 도구를 쓴 게 아니라 본인들이 직접 싸웠다. 그러나 지구를 지키는 측으로 병기로 개조된 에밀과 그 복제체들이 강력하여 이를 연구한 끝에 새로운 기계생명체를 탄생시킨 것으로 추정된다. 병기로서의 에밀 자체가 다양한 환경에서도 강력한 병기가 되도록하는 적응력이 있었는데 이성인들은 이를 중점으로 모방하여 제작한 듯.
그러나 이렇게 만들어진 새로운 기계생명체들은 향상성을 가지고 있어서 향상을 거듭한 끝에 어느 순간 자신들을 창조했지만 식물처럼 정체되어 있던 이성인을 파괴하기에 이르렀고 이제는 없는 인류를 모방하기 시작하였다. 결과적으로 이 둘은 실체도 없는 것을 위해 무의미한 싸움을 해갔던 것이다. 어찌되었든 이 둘은 둘 중 하나가 전멸할 때까지 싸울 운명이었던 것.
하지만 어째서 이 안드로이드와 기계생명체와의 전쟁이 수십년도 아닌 무려 수십세기가 넘게 이어졌는지에 대해선 해명이 없었는데…

4. 제 14차 기계전쟁의 진실

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저 위의 항목 또한 모든 진실이 드러난 것이 아니었다. '''애당초 14차 기계전쟁은 거짓으로 점철된 전쟁이었다.'''
애초 요르하 계획은 기획될 때부터 정보 기밀 유지를 위해 '''일정량의 전투 데이터가 쌓이면 현존하는 요르하 부대가 전멸하고 다음 세대의 부대로 자연스럽게 대체되게 유도함으로써 진실을 영원히 묻어버리기 위한 계획'''이었다. 때문에 때가 무르익으면 벙커의 백도어가 저절로 개방되어 스스로를 기계생명체의 해킹 공격에 무방비 상태로 만들어 버린다. 챕터 후반부에 안드로이드들이 바이러스에 감염돼 서로를 죽고 죽이는 짓을 했던 건 우연이 아니었던 것.
또한 이를 위한 특수 기체 역시 존재했는데 그것이 바로 E 타입. 사실 2B는 위장된 코드네임이고, 진짜는 E형 2호인, 곧 2E(Executioner)로 9S 등을 비롯한 최신 기체를 감시하고 처형하는 역할이 맡겨져 있었다.
2B와 A2가 닮은 이유는 A2가 테스트에서 딱히 특출나지 않은 능력을 보였음에도 실전에서 끝까지 살아남자, 그 퍼스널 데이터를 분석한 결과 극한 상황에서의 판단력과 대응력이 뛰어난 것으로 나타나 A2의 인격 데이터를 기본으로 2E를 만들어냈기 때문이다.
거기다 애당초 파괴될 운명의 요르하 타입 안드로이드들은 지구제와 똑같은 A.I로 제작하는 것이 인도적 차원에서 문제라고 생각되어 블랙박스까지 기계생명체 코어를 사용해 제작되었다. 하지만 사령관을 포함한 주요 인물만이 알고있던 'S 랭크 기밀'인 이 요르하 계획은 표면적인 것에 불과했고, 사령관을 포함한 주요 인물들조차 알지 못한 'SS급 랭크 기밀'인 '요르하 계획 및 파기'는 인류가 이미 전멸한 것을 은폐하기 위한 시스템 구축 후 관련 기체 전멸 및 초기화[18] 겸 자료 삭제를 통한 기밀 유지였다. 즉, 다음 세대로 데이터를 넘기는 것이 아니라 '''요르하 기체 전멸 시 감시자인 포드가 관련 데이터를 전부 삭제'''하게끔 되어 있는 구조였던 것이다.
인류가 멸망한 지 약 8,000년이 지나면서 오랫동안 인류를 보지 못한 안드로이드들 사이에 인류가 절멸했다는 정보가 퍼지기 시작하는 것을 막는 것이 어려워졌으며, 이성인 침공 이후 결성된 다국적 안드로이드 동맹군인 인류군[19]에게 있어 기계생명체와의 싸움도 힘든데 이런 상황은 바람직하지 않았다. 특히 인류에 대한 강한 충성심을 갖도록 만들어진 구형 안드로이드들에게 이런 배신 행위는 사기 저하를 유발하고 기계생명체와의 전쟁에도 유리할 것이 없었다.
알려지지 않은 한 안드로이드가 입안(立案)한 요르하 계획의 핵심은 인류가 전멸했다는 것을 감추는 것으로 남아있는 안드로이드들의 사기를 유지하는 것이며, 벙커 및 모든 요르하 기체는 달에 잔존 인류가 피난 생활을 하는 것처럼 보이게 하는 방송을 송출하는 별도의 서버 시스템[20]을 구축하고, 일정 목표에 도달하면 의도적 결함을 일으켜 기계생명체의 침입을 유도, 전멸당하는 것이 진정한 목적인 것이다.[21] 이후 요르하 기체가 모두 파괴되면 포트가 관련 자료를 전부 삭제해 요르하 계획을 완성하는 것.
한국어판이 출시되기 전에 많은 오해가 퍼졌는데 네트워크 개념인격은 요르하 계획과 큰 관련이 없다. 네트워크 개념인격이 탄생하게 되는 계기는 이성인의 기계생명체 생산에서 시작된다. 서기 5,024년 아메리카 대륙을 제압한 외계인은 신병기 기계생명체를 생산하기 시작한다. 이때까지만 해도 기계생명체는 지성이 없는 로봇에 불과했으나 서기 7,645년 P-33이 처음으로 자아를 갖게 되면서 기계생명체가 진화하기 시작한다.[22]
네트워크 개념인격은 기계생명체의 지성이 네트워크로 연결되는 과정에서 발생한 개체 중의 하나인데 11,306년 기계생명체가 이성인들을 상대로 반란을 일으켜 멸종시켜 버리는 사건으로 인해 기계생명체의 핵심 알고리즘인 적의 전멸이 이성인과 인류의 멸망으로 오염되었으며[23] 이 모순이 파스칼이나 숲의 왕 같은 예외적인 개체를 의도적으로 만들도록 네트워크 자체에 결함을 만드는 계기가 된다. 또한 이런 결손 덕분에 의도적인 자기 수복을 거듭한 네트워크 개념인격은 결과적으로 아직 구형 양자 서버에 의해 보호되던 어떤 구 인류의 기억 코어를 얻고 최종진화하게 된다. 두 명의 소녀의 모습을 한 N2라는 네트워크 개념인격의 정체는 바로 이것. 어떠한 면에선 N2 역시 인류에 의해 오염된 상태였던 것이다.
또한 적의 존재가 없으면 성립이 안 되는 기계생명체의 특성상 이들은 의도적으로 안드로이드들을 총공격한 적이 한 번도 없었다. 공격을 받지 않는 엑세스 포인트와 벙커가 그 증거인데, 벙커의 경우도 마지막에 바이러스 해킹으로 파괴된 것 뿐이며 기계생명체가 물리적 침략을 하진 않았다.[24] 이들이 영원히 싸울 운명이란 것은 바로 이 진실 때문이었다. 기계생명체가 안드로이드를 절멸시킬 이유가 없기 때문이다.
간단히 말해 이 전쟁에서 안드로이드 측에는 수뇌부가 없다. 살아있는 인류를 대변하는 '''인류군사령부=월면 인류 회의는 가상의 조직'''이며 산하 안드로이드들의 연합체인 인류군(人類軍)만이 존재한다. 11,940년 11월 완성되어 11,945년 6월 26일 소멸한 벙커의 요르하 부대는 인류군의 일부에 속한다.
여담으로 니어 오토마타 공략설정 자료집의 연표에 따르면 243차 강하작전 이후 제14차 기계병기전쟁 종료와 함께 인류군과 기계생명체 화평파(和平派)간의 휴전협정이 11,946년 1월에 맺어진다. 이 화평파의 대표가 파스칼이다.[25]

5. 엔딩 해설

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모든 정규 엔딩을 보기 위해선 프롤로그부터 이브 최종결전까지의 시나리오(AB루트)를 2B와 9S로 각각 플레이하고, 벙커 함락부터 A2 혹은 9S 최종결전까지의 시나리오(CD루트)를 9S와 A2로 각각 클리어해야 한다. 또 AB 루트는 진행을 어느 인물로 하느냐에 따른 관점 차이만 있으며, CD루트는 시나리오 마지막 결전을 누구로 플레이하느냐에 따른 엔딩 차이만 갈린다. 내용 자체는 같은 시간과 같은 사건을 다룬다. 즉, 이번작의 ABCD 루트/엔딩은 선택에 따라 전개가 바뀌는 분기 형식이 아니며 AB 루트에서 1차 엔딩, CD루트에서 2차 엔딩, 마지막으로 E루트가 해금되며 3차 엔딩이 발생하는 일직선 형식으로 구성되어 있다. 이는 전작 니어 레플리칸트와 비슷하면서도 다르다. 인류 멸망을 공통결과로 놓았을 때, 레플리칸트 엔딩은 어쨌든 조금 더 오래 사는게 니어인가 카이네인가 정도의 중간 차이는 나온다. 참고로 같은 세계관인 DOD 시리즈는 모든 루트의 엔딩이 평행세계로 갈려있다.
시리즈 전통대로 알파벳이 높을수록 시궁창 결말이지만, 전작과는 다르게 진엔딩 E에서 조그마한 희망의 결말로 반전한다. 물론 그 희망이라는 것도 큰 흐름을 바꾸는 엔딩은 아닌지라 시궁창은 똑같다고 하는 의견도 있지만, E엔딩이 해피 엔딩인지 아닌지는 생각의 차이일 것이다.

5.1. A 엔딩

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전작과 마찬가지로, 아니 전작 이상의 왕도적 전개를 보여주는 루트 및 엔딩. 또한 전작인 니어: 레플리컨트와는 큰 관계 없이 순수하게 기계생명체와 안드로이드와의 갈등만 다룬다.
2B는 수많은 격전끝에 안드로이드형 기계생명체- 아담을 쓰러뜨림으로서 납치당했던 9S를 구했고, 이후 분노에 눈이 멀어서 모든 것을 파괴하려던 이브조차 처절한 격전끝에 파괴한다. 하지만 기계생명체를 자유자재로 조작하면서 거의 불멸에 가깝던 이브를 쓰러뜨리기 위해 9S가 무리한 해킹을 한 결과 이브에게 감염되게 되었고… 그의 간청을 이기지 못한 2B는 흐느끼면서 결국 자신의 동료를 교살하게 된다.
하지만 극적으로 9S가 주변의 다른 기계생명체에 백업하는 방식으로 감염을 배제 & 복귀. 두 사람은 극적으로 정화된 수많은 기계생명체 파편 위에서 기계 생명체와 안드로이드는 공존할 수 있음을 암시하며 막이 내린다. 그리고 이 전에 평화주의자 기계생명체인 파스칼과도 협력한 결과 두 세력간의 희망도 싹튼 상태.
이로서 다른 적대적 기계생명체의 구심점이 되는 두 개체가 파괴됨으로서 14차 기계전쟁에 드디어 종지부를 찍는데 성공하게 된다.

5.2. B 엔딩

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지원형 기체인 9S 시점에서 보는 파트이자, '''드디어 전작의 게슈탈트 계획'''이 언급되는 루트. 그리고 본격적인 피도 눈물도 없는 전개의 시발점.
9S의 해킹 능력 덕분에 그동안 쓰러뜨린 기계생명체의 과거를 엿볼 수 있다. 전작과는 달리 기계생명체가 절대선이라는 전개는 아니고, 이들의 생활방식에 대한 이야기를 무덤덤하게 추억하는 식으로 전개된다. 그러던 중 아담에게 제압당했다가 2B에게 구출된 이후 점검 겸 벙커에서 데이터 업로드를 하기 위하여 자가 해킹에 돌입한다. 그런데 이때 돌연간 노이즈가 발생하고[26], 노이즈의 원인을 찾기 위하여 서버 데이터에 접근하게 되었다. 그러나 서버 데이터를 해킹하던 도중 몇몇 데이터가 엄중한 보안에 막혀있다는 것을 발견하고, 이를 해킹하면서 얻은 진실은 요르하 계획 초반의 개요(후반부와 결말은 탑에서 공개) '인류는 존재하지 않는다'는 사실, 그리고 인류회의는 안드로이드의 사기를 증진시키기 위해 만들어진 더미라는 것. 또한 지상에 있는 2B를 지원하기 위해 기계생명체 상대로 원거리 전자전을 펼치다가 게슈탈트 계획과 관련된 데이터 또한 확보하게 되면서[27] 숨겨져 있던 과거의 진실의 일부도 파악하고 만다. 9S가 이에 대해 사령관에게 이야기하자 사령관은 이를 순순히 인정하고 무엇을 할지는 9S의 결단에 맡긴다.
그리고 B엔딩 보스인 이브전 이후, 2B의 입장에선 볼 수 없었던 장면들이 추가된다.
또한 1회차에서는 액세스 불가능했던 잠긴 상자를 해킹으로 풀 수 있다. 여기에서만 나오는 무기라던가, 관련 퀘스트도 있으니 꼭 해결하도록 하자.
1. 9S가 2B에 의해 안락사 당하던 와중 엔딩 A와는 달리 '''정체불명의 검은머리의 빨간 옷을 입은 두 명의 소녀'''가 그것을 처다보고 있었다. 이들은 각각 아담과 이브를 두 번째로 만났을 때와 마지막 이브전을 위해 9S가 비행유닛을 타려고 할 때 더더욱 흐릿한 그림자로 아주 분간하기 어려울 정도로 살짝 보인다.
2. 스탭롤 도중 벙커로 귀환한 2B와 정상적으로 본래 소체로 돌아온 9S의 후일담 이야기가 이어진다.
3. 그리고 '''혼자서 데이터를 서버에 업로드하지 않았던 9S의 독백과 C & D 루트의 예고편'''으로서 본편의 내용이 시작되었다.

5.3. C 엔딩 & D 엔딩

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결국 3회차인 아담과 이브를 쓰러트린 다음 날, 요르하 부대는 기계생명체와의 전면전을 시작하게 된다. 하지만 임무수행 중 갑작스럽게 등장한 EMP개체에게 무력화된 후 다른 동료 요르하 부대원들이 논리 바이러스에 침투당하며, 벙커와의 연락도 두절된 상태. 뭘 해도 연락을 할 수 없고, 더군다나 논리 바이러스에 침투된 요르하 부대원이 끝도 없이 2B와 9S에게 몰려온다. 이 사태를 어떻게 해서라도 사령관에게 보고하기 위하여 둘은 결국 처음 만났을 때 엥겔스들에게 둘러 싸여서 막장까지 갔을 때 썼던 방법인 블랙박스를 통한 자폭으로 요르하 부대원들을 해치우고, 가까스로 벙커에 있는 자신의 의체로 옮겨가지만 벙커가 이미 해킹당했기 때문에 사령관에게 지상의 요르하 부대에 바이러스가 전파되었다는 사실이 통제당해있던 상태였다. 아무것도 모르는 사령관은 9S와 2B가 바이러스에 감염되었는지 의심하기 시작하나 직후 벙커에도 바이러스가 전염되기 시작한다. 바이러스에 감염된 요르하 부대를 물리치며 가까스로 사령관을 데리고 격납고까지 대피하지만 사령관 또한 이미 벙커 서버와 데이터를 연동시켰던 탓에 뒤늦게 바이러스 감염 증상을 보이지만 데이터 동기화를 실시하지 않아 논리 바이러스 감염이 되지 않은 둘에게 사령관은 어떻게 해서라도 살아남으라며 마지막까지 상관 노릇을 할 수 있게 해달라는 말을 끝으로 2B와 9S를 떠나 보내고, 벙커와 함께 파괴된다.[28]
9S와 2B는 기체를 타고 파괴되는 벙커에서 탈출하지만, 지구에 돌입하자마자 그 뒤를 기계생명체와 감염된 요르하 부대가 뒤쫓는다. 감염된 요르하 부대의 집단 공격과 EMP 공격에 이대로 가면 잡힌다고 판단한 2B는 9S를 살리기 위해 9S의 기체의 통제권을 반 강제로 양도받아 9S를 전장에서 이탈시킨 채, 자신은 기체의 스텔스 모드를 해제하게 되고 다시금 공격을 받게 된다. 기체가 파괴되며 수몰 도시에 착지한 2B는 기계생명체들에 둘러쌓이게 되는데, 이때 논리 바이러스에 감염되게 된다.[29] 2B는 주변의 안드로이드에게 바이러스를 전염시키지 않도록 인적이 없는 상업 시설(구 백화점)로 이동하게 되고, 바이러스에 의해 기능이 하나씩 정지되게 된다. 빠른 속도로 변화하는 논리 바이러스의 특성상 포드에 의한 치료는 거의 불가능한 상태였고, 백업 데이터를 가지고 있는 벙커는 파괴된 상태. 결국 2B는 감염이 완전히 진행되기 직전, 주변의 감염된 요르하 부대를 물리치고 눈 앞에 나타난 A2에게 9S를 부탁한다는 유언을 남기고 블랙박스 채로 파괴된다. 문제는 하필 자신을 애타게 찾던 9S가 그 광경을 목격하게 되고 분노하게 된다.
그 순간 아담과 마지막 전투를 할 때의 복제된 도시에서 보았던 것과 같은 물질들이 지하에서 부상하여 상공 전체를 가리는 탑의 구조물로 변한다.[30] 9S가 탑에 액세스하기 위하여 각지에 흩어진 자원 회수 유닛의 기능을 정지시키는 도중 논리 바이러스에 오염된 오퍼레이터 21O와 전투를 하고, 마무리를 하지 못한 21O를 A2가 난입해 처치하게 된다.[31] 적으로 21O를 만난 것도 멘탈이 터지는데 A2를 만난 데다 21O의 살해까지 하는 걸 본 9S의 증오심이 이로 인해 더 커지게 되어 A2에게 달려들지만 자원 회수 유닛의 붕괴에 휘말려 불발.
자원 회수 유닛을 처리함으로서 탑의 액세스 권한을 얻은 9S가 먼저 탑에 돌입하며 데볼과 포폴은 기계생명체들을 쓸어버리며 9S의 탑 진입을 지원해준다. A2는 이후에 진입하게 되는데, 이후 밝혀지는 탑 내부 정보에 따르면 탑은 문 서버를 파괴할 네트워크 개념인격의 특수로켓 시설이었다. 네트워크 개념인격은 진입한 A2와 9S를 철저하게 유린하는데, 9S의 경우 계속해서 드러나는 진실들과[32] 2B와 동일한 모델인 복제 개체의 집단공격으로 자포자기의 상태에 빠지게 되며, 사망한 2B 복제체의 자폭으로 한쪽 팔을 잃게 된다. 이후 정신을 차리고는 잃어버린 팔을 복제된 2B의 팔을 이식하여 임시로 고친다.[33] A2는 강제로 네트워크 개념인격에 의해 해킹당하게 되며 실체가 없어 해치울 수 없는 '''네트워크 개념인격'''의 공격에 의해 궁지에 몰린다. 그러나 포드 042의 제안에 의해 네트워크 개념인격을 무한 증식시키는 것으로 연산 과부하에 의한 자멸을 유도한다. 이에 2개의 의지를 가진 네트워크 개념인격은 2B와 9S로부터 충분한 데이터를 얻었고 이 이상 방치하면 위험하므로 둘을 파기하자는 의견과 더 많은 데이터를 얻기 위해 둘을 방치하자는 의견으로 나뉘게 되고, 결국 서로 내부분열을 일으켜 자멸하게 된다. 이를 본 A2는 "마치 인류와 같다"라는 감상을 내뱉는데, 나중에 밝혀지는 내용에 따르면 기계생명체들은 계속 진화하게 되면서 기본 행동원리인 "적을 전멸시킨다"와 적을 전멸시키면 적이 사라지니 "적을 전멸시켜선 안된다"라는 모순에 도달하게 되고, 이를 해결하기 위해 의도적으로 네트워크 자체에 결함을 만들게 된다.[34] 이후 이 결함을 스스로 수복하는 과정에서, 구형 양자 서버에 의해 보호되던 어떠한 구 인류[35]의 기억 코어를 얻고 최종진화하게 된 것이 네트워크 개념인격이기 때문이다. 진짜로 인류의 영향을 받은 것.
해킹에서 빠져나온 A2는 일종의 엘레베이터를 타고 탑 외곽을 타고 올라가며 거미형 기계생명체인 공자와 전투를 벌이며, 9S는 감염된 요르하 부대의 기체를 뺏어 탑의 최상부로 이동하며 앞을 가로막는 노자와 전투를 벌이게 되고, 탑의 최상부에서 합체한 공자와 노자를 A2와 9S가 협력하여 파괴하는 데 성공한다.
이후 A2는 2B의 의지를 이어 9S의 폭주를 막고 더불어 문 서버의 파괴를 막으려 하지만, 9S는 문 서버에 존재하는 것이 인류가 아니라 이미 멸망한 인류의 유전자 정보라는 진실을 알려주며 절망과 분노에 차서 문 서버따위 어찌되든 상관않고 2B를 죽인 A2를 죽이기 위해 칼을 겨눈다. 반대로 A2는 2B가 요르하 부대를 처분하기 위한 개체인 2E형이라는 사실을 알려주며 9S를 막으려 한다. 여기서 9S의 눈이 바이러스에 잠식된 것처럼 붉어지는데 초기에 9S는 서버에 데이터 업로드를 하지 않아 지배를 피했으나 결국 중간에 만난 복제된 2B의 팔을 써서 자신의 팔을 수리한 것에 영향을 받은 것 때문인지 바이러스에 감염[36]된 상태로 A2와의 최종결전에 임한다.
여기서 플레이어는 '''A2를 선택하여 9S를 죽이거나, 9S를 선택하여 A2를 죽여야 하는 선택의 기로'''에 놓인다.

5.3.1. C 엔딩

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플레이어는 A2를 선택하여 9S와 최후의 전투를 벌인다.
C 엔딩에서 A2는 9S를 제압하고 포드가 9S를 해킹하여 시스템 복구를 성공한다. 이 수복과정은 9S의 오염부분을 전부 자신에게 넘기는 것. 즉 자신을 희생해 9S를 살린 것이다. 그 뒤 포드에게 부탁해 기절한 9S를 바깥으로 빼내고 무너지는 로켓시설 아래로 자신은 전멸한 A형 부대를 그리워하며 사망. 그 후 숲속으로 장면이 바뀌며 2B가 쓰던 칼과 9S의 가방을 비추면서 막이 내린다.[37]
여러 정보들을 볼 때 정식 엔딩은 C에서 E로 흘러가는 수순으로 보인다. 다만 C의 단계에서 포드에 의해 바이러스 이전이 끝난 뒤 퇴장하는 9S의 상태는 D엔딩 내용과 같은 방주와의 접촉이 베이스되어 있는 것으로 추정된다. 실제로 챕터 셀렉트 기능을 이용해 마지막 E 엔딩을 다시 선택할 경우, D 엔딩을 통해 E 엔딩을 본 데이터라 할지라도 C엔딩에서부터 시작하게 되는데, C엔딩대로라면 사실상 9S는 살아남았어야 하니 E 엔딩의 기본 설정인 모든 요르하 기체의 기동 정지가 성립되지 않으므로 C엔딩이 E엔딩을 위한 디폴트 시작이 될 수가 없기에 D엔딩에서 9S와 아담, N2와의 접촉이 C엔딩에서도 성립된 것이 아닌가 하는 것. 즉 9S가 방주에 탈 것을 선언하면서 기동이 끊어졌기에 모든 요르하 기체의 기동정지가 C엔딩에서도 성립하여 E엔딩으로 넘어가는 디폴트로 설정되어있는 것으로 보인다. 실제로 1회차와 2회차 플레이는 2B와 9S라는 각각 다른 시각으로 보기에 동일 사건에서도 알게 되는 내용이 달랐음을 생각해보면, 이 시점에서 플레이어들의 시점은 A2이므로 퇴장중인 9S가 방주와 접촉중이라는건 9S의 시각인 D엔딩에서 묘사한 걸 수도 있다.[38][39]
실제로, 낭독극인 애프터스토리에서 2B는 재기동에 성공했지만, 9S는 자아 파트가 비어서 재기동에 실패했는데, 그 후 9S를 재기동하기 위해 에일리언들의 잔해가 있던 곳 지하를 파헤쳐 방주의 뿌리였던 곳에 도달한 뒤, 어떤 물건을 찾은 후에야 9S가 재기동에 성공하는 장면이 나온다. 즉, 메인 엔딩의 흐름은 C-E이고, C단계에서 9S는 D엔딩과 같은 방주 탑승을 행하나 A2에 의해 방주 발사가 저지되면서 그의 자아 데이타는 제대로 발사되지 못한채 방주 뿌리에 잠들어 있다가 방주뿌리까지 파고 내려온 2B와의 접촉으로 재기동에 성공하게 된 것으로 볼 수 있다는 것. 만일 D엔딩이었고, 9S가 방주에 타는 걸로 선택했다면 애프터스토리에서 방주를 탈 것을 선택한 내용이 재기동에 성공한 것으로 끝날 수는 없어보인다. A2의 저지가 없었기에 방주는 발사되었을테고, 그러면 영원히 지구에서 떠나버렸을테니.

5.3.2. D 엔딩

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플레이어는 9S를 선택하여 A2와 최후의 전투를 벌인다.
접전[40] 끝에 A2는 9S를 처치할 기회를 잡지만, 2B의 유지를 떠올리며 잠시 빈틈을 보인다. 이때 9S가 A2를 찔러서 쓰러트린… 것까지는 그렇다 쳐도 둘이 함께 쓰러지는 과정에서 9S까지 A2의 칼에 찔려버리고 만다.[41] 결국 둘 다 복부를 관통당하는 치명상을 입은데다 A2는 이미 절명했는지 의식을 잃었는지 조용한 가운데 9S는 고통스럽게 몸부림치며 천천히 죽어가는 결말을 맞는다. 포드들의 대화가 지나간 이후 로켓 시설의 의지에 접속한 9S는 점점 기억이 희미해지나 네트워크 개념인격은 안드로이드의 싸움과 아담과 이브같은 독특한 기계생명체들을 보고 탑의 용도를 문 서버 공격이 아닌 기계생명체들의 의식과 데이터들을 방주에 담아 우주로 쏘아 올리는 것으로 바꾼다. 물론 영원히 닿지 않을지도 모르지만 그런 것은 네트워크 개념인격에게 큰 문제는 아니었다. 방주 속에서 잠들어 있는 이브와 그 옆에서 웃으며 맞이하는 아담이 9S에게 같이 떠나지 않겠냐고 제안한다. 결국 자기 자신의 이름조차 기억하지 못할 정도로 자아가 희미해진 9S는 선택을 하게 된다.
어느 선택[42]을 하던 간에 결국 로켓은 하늘 높이 발사되어 버리고, 따라가지 않는 선택을 했을 경우 9S가 하늘을 바라보며 "거기 있었구나… 2B…"라고 하며 숨을 거둔다.[43]
이후, 파스칼과 레지스탕스 및 안드로이드들이 그 장면을 지켜보는 모습을 마지막으로 화면은 암전된다.[44] 유년기의 끝이라는 이름과 같이 기계생명체의 네트워크 개념인격은 지구를 떠나게 되며 네트워크에서 벗어난 기계생명체들과 안드로이드들만이 유년기의 끝의 구인류들처럼 지구에 남겨지게 된다. 그 후 숲속으로 장면이 바뀌며 2B가 쓰던 칼과 9S의 바이저를 비추면서 막이 내린다.[45]
C엔딩에서는 9S가 어찌어찌 살아남고 A2는 죽어서도 목적을 달성하지만 D엔딩은 주역들이 목적은 달성하였으나 왜곡된 목적을 달성하였기 때문에 배드 엔딩인 셈. 로켓 발사로 문 서버를 파괴하려는 네트워크 개념인격을 저지하는 A2의 노력이 실패로 돌아갔지만 로켓의 용도가 바뀌면서 문 서버는 멀쩡할 것이며, 9S의 경우는 A2를 죽임으로서 2B의 복수를 달성하였지만 결국은 자기도 사망한 것. 최후의 요르하 부대원들이 죽음으로서 요르하 계획이 실질적으로 완수되고, 그 덕분에 E엔딩으로의 분기가 제시될 수 있었다. 다만 C-D 순서뿐만 아니라 D-C 순서로 봐도 모든 블랙박스의 정지가 확인됐다며 요르하 계획 최종 단계가 진행되는 것으로 볼 때 '''엔딩의 순서에 상관없이''' 결국 9S도 죽은 것으로 보인다.[46]
여담이지만 이 엔딩에서는 9S의 성우 하나에 나츠키/카일 맥칼리의 열연 덕에[47] 비극적인 상황이 더더욱 부각된다. 마지막 장면, 즉 A2와 맞찌르고 쓰러지는 장면에서 두 배우의 연기톤이 상당히 달라지는데 일어판 쪽이 그야말로 '''"나 죽네"'''싶을만큼 처절하게 비명을 지르다가 서서히 사그라지는 반면 영어판쪽은 비교적 낮은 음조로 끙끙거리다가 그대로 가버린다는 느낌이 강하다. 어느 쪽이든 만만찮게 아픈 연기를 펼치고 있으나 이 부분에서 두 판본의 톤이 상이하게 갈라진다는 점이 재미있는 부분.
참고로 A2전에서 해킹 사용 시 독특한 스테이지가 나오는데 사실 이것은 '''A2의 플레이어 인터페이스 메뉴'''다. 특히 마지막 해킹 때[48] 인터페이스창의 전경이 드러나고 사방에 망가진 인터페이스창들이 쫙 깔리는 모습은 그야말로 장관.
니어 오토마타 소설판의 엔딩은 D 엔딩에서도 9S가 지상에 남는 선택을 하는 파트로 채용되었다. 이쪽의 경우에도 낭독극의 흐름대로 흘러가는 것이 가능해진다. 방주는 떠났지만 9S는 지상에 남았으니까.

5.4. 그리고 E 엔딩

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하지만 전작인 니어 레플리컨트와는 달리 마지막 진 엔딩이라 할 수 있는 E 엔딩이 게임 본편에 수록되면서 희망을 남기게 되었다.
두 엔딩을 모두 본 뒤 포드 153은 요르하 프로젝트의 마지막 계획대로 데이터 삭제를 시행하려 한다. 이 때 포드 42가 요청을 해오는데 받아들이면 포드 42는 주역 3명의 개인 데이터가 유출되었다고 설명한다. 포드 153은 포드 42에게 캐릭터들의 데이터 삭제를 요청하지만 포드 42는 지금까지의 여행을 통하여 감정이 싹텄고 이들의 생존을 위해 데이터 파기를 거절하고 데이터 복구를 요청한다.[49] 포드 153은 이에 동의하고[50][51] 이들의 생존을 원하는지 플레이어에게 이를 되물은 뒤 이것까지 허락하면 대망의 E 엔딩의 시작.

153: 방위 프로그램에 의한 세정이 개시되었다. 이대로는 우리의 자아 데이터가 소거될 거다.

042: 포드 042가 153에게. 우리는 안드로이드가 설계한 요르하 계획을 실행하기 위해 만들어졌다. 우리에게는 감정이 없었다. 하지만 우리 여섯 기체가 접속되어 정보를 교환함에 따라 의사나 감정과 같은 것이 생겨나기 시작한 것은 부정할 수 없다.[52]

153: 답변 불능.

042: 모든 것에 답이 있지 않는다는 것을, 우리는 알고 있었던 것일지도 모른다.

목표는 엔드 크레디트의 해킹미니 게임. 탄막을 치는 스탭롤을 격파하는 것인데 초반 몇 분은 그럭저럭 할만 하다가 시간이 지날수록 점점 빡세진다. 이름 하나하나가 이리저리 이동사격을 실시하며 특히 직책이나 회사 명칭(…)은 높은 맷집과 강력한 패턴의 탄막을 친다. 일반 해킹에서 탄을 쏴도 터지지 않는 보라색 탄을 쏘는게 그들. 죽으면 게임 오버는 아니고 그저 계속 할 것인지를 물어온다.[53] 계속 할 것을 선택하면 체크포인트에서 다시 시작. 해킹 게임과 기본적인 룰은 같기 때문에 목숨이 있긴 하지만 중반부부터 탄막 밀도가 버틸 수가 없을 정도로 올라 의미가 없다.
'''오프라인 상태'''로 끝까지 가다 죽으면 어느 시점부터 급격히 난이도가 올라가고 가끔은 적이 무적상태가 되는 버그도 걸리기도해서 고행을 즐기는 유저들의 먹잇감이 되기도 한다. 솔로 플레이 영상을 보면 이걸 어떻게 깼는지 말이 안나오는 수준.(…) 어찌되었든 제작진의 의도는 명백히 온라인 모드이니 온라인 모드를 켤 것을 권한다.
온라인 모드를 켠 채로 특정 시점 이후로 죽으면 죽을 때 마다 '''다른 유저가 남긴 격려의 메시지가 나타난다.''' 죽을수록 나타나는 격려의 메시지가 많아지며 재시도 기회가 끝없이 주어지며 또 죽어나가면 갑자기 '''온라인 유저가 지원을 왔다'''는 메시지와 함께 이 지원을 받을 것인가 묻는다. 이 때 예를 선택하면 '''다른 유저의 이름을 가진 비트'''가 화면 바깥에서 플레이어 커서 주변으로 즉각 투입되어 플레이어를 지원하며, 이것을 시작으로 플레이어를 중심으로 총 6개의 비트가 회전하면서 스텝롤을 녹여버릴 만큼 엄청난 화력을 제공한다.[54]

153: 모든 존재는 사라지도록 설계되어 있다. 생과 사를 되풀이하는 나선에 그들은 얽매여 있다. 하지만… 그 윤회 안에서 발버둥 치는 것이 살아있다는 의미인 것이다. 우리는 그렇게 생각한다. 포드 153이 042에게, 상태는 어떤가?

042: 부끄럽다.

153: 부끄럽다니?

042: 자기희생을 각오하고 공격했음에도 살아남았기 때문이다. 이래서는 면목이 서지 않는다.

153: 상관없지 않을까? 우리는 살아있다. 살아있는 건 부끄러운 것 투성이다.

042: 그 말은 추상적이기 때문에 현재의 우리는 이해할 수 없다. 해석이 필요한 기록으로 보관해 두자.

153: 포드 042에게 의문을 제시한다. 데이터 구조는 과거의 기억을 전부 복원한 건가?

042: 그렇다.

153: 이 회수 파츠도 예전 파츠와 같은 사양인가?

042: 그렇다.

153: 그럼, 다시 같은 결말을 초래하는 건 아닌가?

042: 그럴 가능성은 부정할 수 없다. 하지만 다른 미래의 가능성도 존재한다. 미래는 주어지는 것이 아니라 획득하는 것이니까.

해킹에 성공하면 캐릭터들의 지금까지의 인격과 자아의 복구에 성공하지만 지금까지의 모든 기억이 동시에 복원되어 포드들은 과거의 반복을 걱정한다. 하지만 다른 미래가 펼쳐질 가능성을 - '미래란 주어지는 것이 아니라 획득하는 것'- 믿으며 어느 빌딩 위에 누워있는 2B와 9S를 보여주는 장면, 그리고 창문에 기대어 있는 A2의 모습으로 마지막을 장식한다. 결국 주요 인물의 전원 생존을 의미.
이후 포드 153과 포드 42를 통해 아까 전 E엔딩에서 일어난 기적이 어떤 것이었는지 알게 된다. 모든 컷신이 끝난 뒤 포드 153이 세계에 메시지를 남길 것인지 묻고 메세지를 남긴 후[55][56] 포드 42는 마지막 스텝롤 해킹에서 자신의 데이터를 남겨 다른 사람들을 도와줄 것인지 묻는다. 이 이벤트는 플레이어가 메세지를 남길 때 좋은 말을 써야 발생한다. 즉. E엔딩을 위한 해킹에서 나타났었고 피격될 때마다 사라진 데이터는 바로 다른 플레이어의 E엔딩 이후 남겨놓은 데이터였던 셈.[57] 일단 이에 동의하지 않을 경우 성장치 등 모든 요소를 인계받고 프롤로그 챕터로 되돌아간 시점의 세이브 데이터가 저장되고 일단 E엔딩 여부도 저장된다.
반면 남기는 것을 선택하면 플레이어 또한 시리즈 전통대로 '''"세이브 데이터를 날린다."'''를 선택 가능. 이 때 플레이어가 다른 이들을 돕기 위해 온라인으로 날려버린 데이터는 다른 유저의 E챕터 엔딩 클리어를 위한 추가 라이프로 유용하게 사용된다. 다만 포드 본인도 언급하지만 이런 일을 해봤자 아무도 알아주지 않음에도 시행하냐고 되묻기도 한다. 그럼에도 데이터를 날리면 플레이어의 눈 앞에서 메뉴창의 데이터를 하나씩 제거하는 모습을 보여주고 마지막으로 세이브 데이터마저 날린 뒤 지금까지 니어:오토마타를 플레이해준 것에 대해 두 포드가 감사의 인사를 남긴다. 이후 타이틀 화면이 3회차 시작 후 화면과는 다른 것으로 또 다시 바뀐다.
즉, 여태까지 쌓아온 세이브가 본인 입장에서는 증발하긴 하지만 전작과는 달리 아예 무의미하게 사라지는 것도 아니다. 하지만 실제로 날릴 줄 모르고 몇십시간의 데이터를 날려버린 유저들 또한 많다.
결국 플레이어 본인들의 헌신끝에 구형 안드로이드(A2)와 데이터가 보존된 신형 안드로이드 두 기(9S, 2B)는 살아남은 듯 보인다. 엔딩 D의 제목인 유년기의 끝이 의미하는 대로 마치 낙원에서 추방된 인류처럼 필멸의 삶을 살아간다는 걸 암시하지만, 그래도 전작의 니어 & 요나 & 카이네가 처한 운명에 비한다면, 확실히 디렉터 공인 초 해피엔딩으로 끝난 셈이다.
전작과는 달리 세이브 데이터 제거요소가 있긴 하지만 정작 트로피나 스토리와는 정말 아무 상관도 없기 때문에 정말 선의와 특전 오프닝 화면 그 이상도 뭣도 아니다. 전작은 희생을 한 뒤 엔딩에 진입하지만 이번작은 엔딩을 보고 희생을 선택가능한 방식. 플레이어의 희생으로 다른 결말을 이끈다는 점에서 큰 맥락에선 같지만 그 방법을 정반대로 뒤튼 구조이다.
여담이지만, USB나 PSN으로 데이터를 따로 저장해둔 상태로 세이브 데이터를 날린 후 다운로드하는 것도 가능하다. 세이브 데이터 날라가는 장면은 보고 싶은데, 데이터를 날리기 싫은 경우 이 방법을 추천한다. 자신은 데이터도 남기고, 전 세계의 유저들도 구해주고 1석 2조다. 스팀판 또한 세이브가 순수하게 스팀 아이디에 저장되는 게 아니라 pc에 저장하고 그걸 스팀에 연동하는 구조인지라[58] 해당 파일을 찾아서 백업하면 된다. 경로는 내 문서 폴더의 My Games\\NieR_Automata\\이며 여기서 SlotData_*.dat 파일만 다른 폴더에 복사해 놓으면 된다. 데이터 삭제 시점은 최종 삭제 화면이 끝나는 때이므로 화면에서 데이터가 지워지고 있는 중이라면 빨리 폴더를 열어서 복사하자. SystemData.dat와 GameData.dat, Graphic.ini는 백업을 하든 안 하든 세이브에는 영향이 없으나 이것들까지 백업해버리면 배경 화면이 E 엔딩 전으로 도로 바뀌니 주의. 간혹 e엔딩 후의 화면보다 그 전의 꽃배경을 더 좋아하는 유저도 있긴 있는데 그런 유저는 저 셋도 백업하면 되고 e엔딩 후의 화면이 좋다면 Slotdata_*.dat만 백업하자. 다만 이렇게 백업을 시키면 엔딩 클리어 리스트에 e엔딩이 뜨질 않으니 다시 한번 깨야한다.
참고로 이 엔딩의 해킹 게임 연출은 2003년판 스타 솔저의 엔딩 크레딧 격파 게임을 오마쥬한 것이다.
여담이지만 소설판에서는 이 파트를 재현할 방법이 없었기에 042가 죽음을 각오한 맹공을 개시하는 부분에서 끊고 데이터 인양에 성공한 직후의 엔딩 파트로 바로 넘어갔다.

6. E엔딩 이후

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설정집에 실려 있는 연표에 의하면 그 뒤의 전개는 다음과 같다.

●11945년 ■9월 '제14차 기계병기전쟁' 종결 선언

○9월 2일[59]

인류군이 제14차 기계병기전쟁 종결을 선언한다.

○9월 5일 ■■■■■■■[60]

○9월 19일 ■■■■■■■[61]

●11946년 ■1월 '기계생명체 화평파'와 '인류군'이 휴전 협정을 채결

○파스칼을 중심으로 하는 기계생명체 화평파와 인류군이 정식으로 휴전 협정을 체결한다.

●12422년 ■9월 검은 옷의 '안드로이드' 목격

○9월 2일. 검은 옷의 안드로이드가 목격된다.[62]

●12530년 ■'기계생명체' 가운데 '귀족'이 탄생

○기계생명체 가운데 '귀족'이 탄생한다.

●12543년 ■'기계생명체'의 내란이 발생

○기계생명체의 내란이 발생한다. 폭주 개체를 제외하면 첫 내부 분열에 해당한다.

그리고 2017년 5월 5일 '인형들의 기억' 밤공연 낭독극 "Farewell"으로 11945년 9월의 후일담이 공개되었으며, 대략적인 내용은 다음과 같다.
11945년 9월 5일 아침 2B가 재기동하였으나 POD 153이 9S는 재기동에 실패했음을 알려준다.[63][64] POD 153이 9S의 블랙 박스 내 기억 영역에 자아 데이터가 남아 있지 않을 가능성을 언급하며 9S의 의체 처분을 권고하나 2B가 강력히 반대하고, 재기동 방법을 찾기 위해 행동을 개시한다.
9월 14일 2B가 9S의 재기동을 위한 정보 수집을 위해 레지스탕스 캠프를 방문했으나 데볼 & 포폴 자매는 사망했고 재기동할 방법은 찾지 못한다.[65] 9S를 재기동하기 위해서는 벙커 기술부의 도움이 필요하나 벙커가 소멸한 상황에서는 아무 것도 할 수 없다.[66] 이후 9S를 구할 수 없을지도 모른다는 불길한 생각을 억지로 부정하면서 자체 정비도 소홀히 한 채 9S 재기동 방법을 찾으러 계속 떠돌던 중 잭애스가 보낸 메일을 받는다. 메일에는 9S의 기억 영역의 내부 액세스 포트에 기계 생명체의 방주라는 것으로부터 통신을 한 로그[67]가 남아 있다는 것. 그 방주라는 것이 뭔지는 모르나 서버 같은 것일테니 힌트가 남아 있을지도 모른다. 해당 통신의 발신 좌표는 무너진 탑의 지하를 가리키고 있었다.[68]
9월 17일 2B는 탑이 무너진 중앙 지점에서 땅[69]을 파내려 가고 있다. 목표 예측 지점을 40M를 남긴 지점에서 눈이 내리는 것을 목격한다. 탑의 잔해가 주변에서 열을 흡수하고 있다고 한다. 25M를 남긴 지점에서 점점 단단해지는 재질을 부수기 위해 검에서 격투 장비로 바꾸어 땅을 파기 시작하면서 통증이 몰려오기 시작한다. 12M남긴 지점[70]에서 방주는 복잡한 결정을 조합한 거대한 메모리 유닛임을 알게 된다. 하지만 산산 조각나서 살아있는 결정은 보이지 않는다. 거기다 이미 손의 감각 센서는 고장난 상태에 격투장비를 강제 고정시킨 볼트가 살을 파고 들면서 피가 흘러나오는 상태로 무리하게 땅을 파다가 과부하로 강제 Shutdown된다.
9월 19일 아침[71] 2B 재기동 후 급히 POD에게 방주에 대해 물으니 오렌지색으로 빛나는 작은 결정을 보여준다. 그 결정을 통해 기계 생명체의 통신 프로토콜을 해석하여 남은 데이터와 조합, 기억 영역을 열 수 있는 열쇠 비슷한 것을 만들어 자료 수복용 백신을 9S의 액세스 포트를 통해 직접 주입한다는 것. 기억 영역에 자아 데이터가 남아 있다면 수복용 백신으로 복구가 될 것이다. 백신 완성 후 4차례에 걸쳐 수복용 백신을 주입하나 실패한다. POD들 간에는 이에 대한 의견이 갈리기 시작하다가 9S의 메모리 공간에 데이터 삭제 흔적이 발견된다. POD 042는 9S가 스스로 자아 데이터를 지웠거나, A2의 기록을 토대로 9S가 자아 데이터를 우주로 쏘아 올린 방주에 옮겼을 가능성에 대해 알리며 9S의 자아 데이터 복구 확률은 극히 낮다고 보고한다. 낙심한 2B는 블랙 박스의 생명 유지 기능에 심대한 손상을 일으키기 시작한다.[72] 그 때 POD 153이 블랙 박스에 이상 진동을 검출했다고 한다. 2B가 아닌 9S의 블랙박스에서. 그리고 9S는 재기동에 성공한다.[73] 그리고 깨어난 9S에게 2B는 이별했을 때와 마찬가지로 "나인즈"라고 불러준다.
그리고…
2B와 9S의 재회가 끝난 뒤,

'''포드 042 & 포드 153'''

''모든 존재는, 사라지도록 설계되어있다.''

''생과 사를 되풀이 하는 나선에''

''그들은 얽매여 있다.''

''하지만, 우리는 포기하지않아''

'''2B & 9S'''

''만약, 이 세계에 저주가 가득해도''

''만약, 이 세계가 우리에게 벌을 내리려고 해도''

''이 윤회 속에서, 우리는 계속해서 저항해 나갈 것이다.''

''기도의 말을,''

''노래하며…''

이 대사를 마지막으로 니어 오토마타의 이야기는 막을 내리게 된다.
그야말로 요코 타로 각본이라곤 믿기지 않을 정도로 해피 엔딩. 그런데 사실 엔딩의 종류가 두 가지였다고 한다. 하나는 대다수 사람들의 대본에 있었던, 그리고 기존에 퍼졌던 루머인 9S 복구 실패 엔딩이고 다른 하나가 이번 낭독극에서 실제로 공연된 9S 복구 성공 엔딩인데, 대본을 가지고 있던 한 한국인은 성공 버전 대본을 가지고 있었다고. 그러나 티켓을 통해 정식으로 판매된 각본은 복구 실패 엔딩이었고, 실제로 이전에 퍼졌던 루머도 사실이었다. 실제로도 9S의 성우인 하나에 나츠키가 출연 예정이 없었기에 원래 게임의 엔딩에서 약간 수정된 것으로 9S의 잔류 기억 데이터가 2B에게 감사의 말을 남기며 끝날 것이었지만, 출연 전날 급거 하나에 나츠키의 스케줄이 변경되어 출연할 수 있게 되자 그 때 시나리오를 9S가 부활하는 것으로 수정했다고 한다.
A2의 경우 언급은 없지만, E엔딩의 내용상 생존했을 가능성이 크다. 하지만 A2는 코빼기도 비치지 않는다.(…) 이제까지의 행적이나 본인의 성격 등을 보면 어차피 부활이 성공했다 한들 2B & 9S와 같이 다니려 하지는 않았겠지만 그래도 명색이 주연 중 하나인데 후일담에서 등장은커녕 언급조차 되지 않고 잊혀져 아쉽다는 평이 많다.

7. 요르하 부대의 기원

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현재 관련글이 폭파됐다. 이 내용은 낭독극 "인형들의 기억" 중 "요르하 계획"의 내용이므로 인형들의 기억 블루레이 판에 수록되어 있다.
요르하 부대는 처음부터 기계생명체의 코어를 블랙박스로 사용한 부대였지만, 알려진 설정과 달리 본래는 요르하 계획의 인도적 문제 때문이 아니었다. 기계생명체 코어 활용은 요르하 계획이 발의되기 전에 이미 진행되었으며, 본래의 이유는 '''기계생명체에 대항할 수 있는 고출력 안드로이드를 만드는 것'''이었다. 한 마디로 강력한 기체를 만들기 위해 적의 기술을 활용한 것. 그런 요르하 부대의 운용이 요르하 계획으로 변질된 건 계획을 고안한 한 안드로이드 때문이었으며 인도적 문제 운운은 나중에 붙은 것에 가깝다.
요르하 계획의 초안은 '지니아'라는 안드로이드가 고안했다. 당시 지니아는 안드로이드 진영의 사기 저하를 우려했고, 그 원인으로 안드로이드들이 지켜야 할 인류를 이미 잃었다는 점을 꼽았다. 이에 착안해 사실은 인류가 살아 있고, 인류를 만나게 해달라는 지상의 안드로이드들을 속이기 위해 달에 있는 서버를 이용해 실존하지도 않는 잔존 인류 그룹인 '월면 인류 회의'를 만든 후 13번째 궤도 기지와 이를 담당하는 부대를 만들어 지상과의 중계역으로 사용한다는 프로젝트를 창안한다. 그러나 13번째 궤도 기지 부대로부터 진상이 새어나갈 우려가 있어서 정보 통제가 불완전하다는 결론을 내리고 폐기하려 한다.
그러나 11,937년 7월 7일 6번째 위성궤도기지인 "라보"에 화재사건으로 많은 사상자가 발생한다. 화재는 블랙박스의 재료가 기계생명체의 코어라는 사실에 격분한 9호가 일으킨 것이었다. 그리고 9호는 아래와 같이 계획을 다시 일으켜 세우기로 결정한다.

'''그래서 나는 계획을 새로 썼지. 새롭게 만들어질 13번째 기지에는 백도어를 설치해두고, 일정 기간이 되면 개방하도록. 기계생명체의 공격으로 기지는 괴멸하고, 그 후에는 월면서버로부터 일방적으로 통신을 하는 거야.'''

'''그렇게 해서 우리 안드로이드를 위한 「신」을 달 표면에 만들어내는 거야!! 이미 월면서버에 계획을 수행하기 위한 프로그램은 보내졌어. 우리 요르하 기체의 설계도도 포함되어 있지. 이대로, 자동적으로 태어날 요르하 부대에 의해 신은 태어나고... 그리고, 우리 요르하 부대는 그 신을 위해서 순교하는거야!'''

-요르하 베이스모델 '''9호'''

이때쯤 요르하 베이스 모델이 실은 기계생명체 코어를 이용해 만들어졌다는 사실을 알고 멘탈이 깨진 베이스모델 9호가 이 프로젝트를 탈취, 정보 통제를 완벽하게 하기 위해서 중계 부대인 13번째 궤도 기지 부대를 어느 시점에 쓸어버려 흔적을 지우고 가짜 인류 회의의 통신을 지상 일방 통행으로 만들어 안드로이드의 지주를 세우는 계획으로 완성시킨다.
즉 본래는 폐기될 뻔했던 정보 조작 계획을 되살린 것은 물론이고 요르하 부대를 전멸시켜 보안을 지킨다는 요르하 계획을 최종적으로 완성한 건 바로 '''9S의 초기형 모델인 베이스모델 9호'''였다. 결국 2B와 9S의 비극적인 운명을 비롯한 요르하 부대의 모든 비극은 9S(의 초기형)가 만들어낸 것이다. 작중 나타난 9S의 정신적 불안정성은 이미 베이스모델 때부터 있었던 셈이다.
직후 베이스모델 9호는 A2와 2B의 원형인 베이스모델 2호에게 살해당하지만 이미 프로그램은 월면 서버에 전송된 뒤였고, 결국 모든 니어 오토마타 유저들이 아는 요르하 계획이 시행되고 만다.
한편 팬덤에서는 이걸로 9S의 앞날에 먹구름이 추가됐다고 보기도 한다. 비록 베이스모델 9호와 9S가 동일인은 아니지만 9S의 인격 베이스가 된 모델인데다 특히 잭 애스는 화이트 사령관과 친분이 있는 관계이기 때문에 직접적인 적대 이유도 있다. 물론 위 사실이 인류군의 서버에 제대로 기록이 되어 있다면 말이지만, 디렉터가 디렉터인지라 고생길을 추가하려고 사실 그대로 인류군 서버에 기록해놨을지도 모른다.(...)
다만 베이스모델 9호는 9S와 완전한 동일인은 아니기 때문에 다소 미묘하다. 당장 2형 인격의 원본인 베이스모델 2호와 A2, 2B의 관계를 생각해보면 된다. A2와 2B만 봐도 2B가 A2를 기반으로 만들어진 신형 기체지만 A2를 아는 작중 인물(대표적으로 아네모네)은 A2 = 2B로 취급하지는 않는다. 베이스모델 2호 - A2 - 2B라는 관계성을 감안하면 베이스모델 9호 - S9(추정) - 9S로 이어지는 라인이 완전한 동일인으로 취급되지는 않을 것이다. 요코오 인터뷰에서도 동일 모델이 아니라고 언급했고. 사람에 비유하자면 할아버지와 손자 정도의 포지션이다.
하지만 그렇다 하더라도 연관성이 있고, 아네모네가 A2 - 2B를 대하는 태도와 달리 이쪽은 상당한 원한을 받는 쪽이라 장본인으로 취급되지는 않더라도 안 좋은 대우는 약속되었다고 봐도 상관없을 듯하다. 무엇보다 오토마타에 등장하는 데볼&포폴이 레플리칸트의 데볼&포폴 본인들이 아닌데도 불구하고 동형기라는 이유만으로 어떤 취급을 받는지 감안하면[74]...

8. 무대 '소년 요르하' Ver 1.0

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이 내용은 설정자료집 연표에 잠깐 등장하는 실험부대 M002의 이야기를 연극으로 구성한 것으로 2018년 2월 4일 밤공연의 내용이다.[75]
격렬한 전투음이 지나간 뒤 21S[76]에게 좀 전에 본 새가 뭔지 물어보는 22G. 21S는 이런 상황에서 새 이름따위 아무려면 어떠냐며 퉁명스럽게 대답한다. 짧은 대화 후 갑자기 EMP 폭탄이 터지면서 피탄된 22G에게 9H가 임시 구호 조치를 취한다. 그리고 2300대 이상의 기계생명체가 출현하여 9H와 21S는 쓰러진 22G의 총을 주워 기계 생명체들을 막으려 하나 기계 생명체의 레이저 공격에 21S가 쓰러진다. 이 위기 상황은 뒤이어 차례로 등장하는 나머지 부대원들에 의해 종료된다. 사방이 적으로 둘러 싸인 상황에서 사령부와 통신이 두절되었음에도 5Km 앞에 구출 목표가 있다며 교관 블랙은 장비 정비 후 구출 작전을 계속하도록 지시한다.
한편 기계생명체에 포위되어 숨어있던 레지스탕스 대장 칵터스는 갑자기 들리는 폭음에 놀라서 도와달라고 외치다가 프록스의 핀잔을 듣는다. 칵터스는 악몽을 꿨다며 적당히 얼버무린다. 밖에서 돌아온 로터스는 자재를 대량으로 얻게 되었다며 기뻐한다. 프록스가 로터스에게 적의 동태를 물어보니 여전히 상황에 변화가 없다고 대답을 한다. 하지만 기계 생명체를 개조한 자동 포대를 배치해서 여기는 안전하다고 주장한다. 자동 포대의 위치로 여기를 추정할 수 있어서 위험하지 않냐는 칵터스의 질문에 로터스는 자동 포대를 적당히 여러 곳에 뿌려놓아서 위치를 모를 것이고 만에 하나 공격 당해도 자동 포대를 마지막으로 공격한 개체가 바이러스에 걸려 자동 포대로 바뀌는 구조라서 안전하다고 한다. 자동 포대가 적한테 넘어가면 어떻게 되냐고 하자 적의 경계레벨이 올라가서 폭격 대상이 되고 그러면 여기는 잠시도 못 버티겠지요라고 대답한다. 칵터스는 그러면 전부 소용없는거 아니냐면서 화를 낸다. 로터스는 애초에 대장이 보물에 눈이 멀어 이런 곳까지 오니 이렇게 된거라고 한다. 그 보물은 구조신호를 보내고 있는 의문의 상자를 말하는 것이었다. 그때 갑자기 포대 하나씩 파괴되기 시작한다. 점점 가까워지는 폭음과 함께 검은 옷을 입은 한 남자 안드로이드가 그들 앞에 쓰러진다. 뒤이어 등장하는 검은 옷의 남자들은 구조신호를 듣고 온 요르하 부대였다.
하지만 레지스탕스들은 자신들이 구조신호를 보내지 않았다고 한다. 구조신호는 3명의 레지스탕스가 발견했던 식별번호 219432D인 상자에서 나온 것이었고 교관의 음성 식별로 상자의 잠금 장치를 해체하자 거기서 나온 것은 요르하 타입 2D였다. 원래 M001 부대에 합류할 예정이었던 인원이었으나 이송중에 추락한 것으로 보인다.
레지스탕스들은 포위되어 있는 동안 기계생명체의 공격을 받지 않기 위해 일정 숫자 이상의 기계 생명체를 파괴하지 않는 등 최대한 주의를 끌지 않으려 노력했으나 결국 좀 전의 소동으로 위치를 발각당해 대규모 폭격의 폭발에 휘말린다. 그리고 무대가 암전되며 요르하 부대원의 과거 이야기로 이어진다.
M 부대 설립 당시 1기인 M001 부대는 교관과 3A, 4G로 구성되어 있었으며 6개월 뒤 2기인 21S, 22G, 6A, 9H 4명의 M002 부대원이 증원된다. 이 중에 H 모델은 통상 모델의 10배의 저장능력을 가져 비상시 다른 요르하 부대원의 자아 데이터를 백업할 수 있는 특징을 갖고 있다. 교관은 벙커에 여성형 안드로이드로 이루어진 정규 부대가 편성된 것을 알리며 M부대가 남성형 안드로이드 실험 부대이니 만큼 더 나은 성과를 보이도록 독려한다.
폭발의 충격에서 깨어난 뒤 2D를 기동시키고 교관은 2D에게 M 부대 배속을 알린다. 몇몇은 비상 정지 상태였으므로 9H가 백업해 둔 기억으로 되살린다. 과거 요르하 부대원들은 계속되는 임무 도중에 몇번이나 죽었다가 되살아나게 되지만 백업은 전투가 없는 시간에만 가능했기 때문에 죽었다 되살아난 동료는 백업이 되지 않은 수십~수백시간의 기억이 사라지는 경험이 반복된다. 9H는 백업 데이터를 복구해야 했기에 안전한 곳에서 전투에 참여하지 않고 이 기억을 계속 가지고 있어야 했다.
다들 정찰을 나간 사이 21S는 로터스에게 겁쟁이 안드로이드가 있는 건 화가 난다고 말한다. 로터스는 어떠한 시스템에도 만약의 사태를 대비해서 20%의 바보같은 녀석이 나오게 되어 있다고 답한다. 3A는 같이 정찰나간 칵터스와 프록스에게 성능 좋은 우리가 있으니 레지스탕스들은 뒤로 물러나 있으라고 한다. 칵터스는 성능이 떨어지긴 해도 경험에서 앞선다며 맞선다. 프록스는 둘을 말리며 칵터스 대장이 겁쟁이긴 하다고 디스한다. 그 뒤 적의 습격이 있었으나 물리치는데 성공하고 그 사이 칵터스는 다리가 풀려서 은신처로 돌아간다. 그런 모습을 보고 3A가 프록스에게 너도 참 큰일이라고 하자 프록스는 칵터스의 과거를 얘기해 준다. 과거 칵터스는 역전의 용사였으나 어느날 소년병 무리를 데리고 적의 서버에 잠입했다가 기계생명체의 함정에 걸린다. 반격에 나선 칵터스는 결국 전투에 승리하나 소년병들이 모두 죽어버린 뒤였다. 결국 이 사건 뒤로 신중한 성격이 된 것이었다.
이 구출 작전이 있기 약 1개월 전에 통칭 SS라고 하는 정보 단말 형태의 지원유닛 POD153이 추가되었다. SS는 통신과 원거리 전투 지원 기능이 있고 기억 영역의 스캔 기능과 물리적인 바이러스 공격에 대응할 수 있지만 논리 바이러스에 대한 대책은 아직 연구 중이라고 한다.
9H는 새로 합류한 2D가 원래 M001에 배속 예정이었으므로 선배라 높임말을 쓰고 있었으나 2D가 높임말을 쓰지 말라고 하는 것과 9H가 상처가 벌어진 곳에 테이프를 발라 준 것을 계기로 사이가 가까워진다. 2D에 의하면 Defense 모델은 방어력이 높고 논리 바이러스 대책도 어느 정도 된다고 한다. 9H가 물을 가지러 간 사이 교관이 등장하며 2D에게 과거 벙커의 격납고에서 한 번 만난 이후 처음이라며 작전이 언제 시작될 것인지 물어보나 2D는 대답을 거부한다. 평범한 Defense 모델인 것처럼 생활하고 있지만 사실 2D가 요르하 반란시의 진압용 모델 2E라는 것은 2D 본인과 교관만이 알고 있었다.
그러던 어느 날 교관은 기계생명체가 안드로이드의 무기에는 관심을 보이지 않고 안드로이드에만 관심을 보이는 점을 이용하는 탈출 작전을 설명한다. 즉, 안드로이드들이 기계생명체들의 관심을 끄는 동안 4년 전 기계생명체에 함락된 기존 레지스탕스 기지의 수송기를 이용해 탈출할 계획을 입안한 것이다. 이 계획은 다음의 3개조로 나누어 진행되며 각조의 인원은 다음과 같다.
A반: 레지스탕스 3인, 4G, 22G (제공권 확보를 위한 관제탑 동력 케이블 절단 및 엄호)
B반: 21S, 3A, 6A (수송기 탈취)
C반: 교관, 2D, 9H (9H를 수송기까지 보호하기 위한 백업)
이 사이 2D는 SS를 통해 사령부가 보낸 요르하 부대 말살 명령 수행이 지연되었다는 통보와 함께 신속한 말살을 명령 받는다. 사령부의 지시를 거부하면 2D의 블랙박스를 폭주시켜 처형할 것이라고 한다.
치열한 전투 끝에 전원 수송기에 도착하게 되고 21S는 수송기에 설치되어 있던 논리 바이러스로 인해 역해킹 대미지를 입는다. 하지만 수송기의 제어권을 획득하고 이륙에 성공한다. 수송기 안에서 2D와 9H 둘만 남게 되었을 때 2D가 9H를 죽이려고 칼을 뽑으려다가 망설이는데 그 사이에 21S, 3A, 6A가 반란을 일으킨다. 21S는 이기지 못할 전투에 반복되는 죽음을 경험하는 것에 질려가고 있던 차에 해킹으로 교관에게 전달된 사령부의 메시지를 읽게 되었고 부대의 비밀을 알게 된 것이다. 21S는 수송기를 베이스 캠프가 아닌 밤의 나라로 몰고 갈 것을 종용한다. 결국 반란을 진압하기 위한 전투가 발생하고 그 와중에 수송기가 손상을 입어 불시착한다.
불시착 후 정신을 차린 9H와 22G 앞에는 논리 바이러스에 오염되어 완전히 자아를 상실한 21S가 있었다. 9H와 22G는 21S로 부터 도망치기 시작한다.
3A는 21S의 해킹 과정에서 논리 바이러스에 오염되었다. 3A는 자신보다 근접 전투에 우수했으나 3A를 동정하여 Attacker가 아닌 Gunner 모델로 지원했던 4G에 열등감을 품고 있었다. 바이러스에 오염된 3A는 속내를 드러내며 4G와 결투를 시작한다. 4G는 3A가 논리 바이러스 공격을 전혀 하지 않는 것을 이상하게 생각하고 3A가 원하는 대로 총을 버리고 칼을 뽑아든다. 그리고 3A는 4G의 칼에 사망한다.
레지스탕스들과 6A, 교관 일행은 기계생명체들에 쫓겨 어떤 곳에 도달한다. 그리고 갑자기 6A가 이상한 반응을 보인다. 교관은 6A가 논리 바이러스에 오염되었음을 알게되고 6A는 단지 살육의 재미를 위해 레지스탕스들과 교관을 습격한다. 레지스탕스 대장 칵터스가 6A에게 무기력하게 저항해 보려 하나 갑자기 팔이 멋대로 움직이기 시작하더니 총을 사방에 난사한다. 칵터스는 동료들이 자신이 쏜 탄환에 쓰러지는 것을 보고 자신도 목에 총구를 겨누고 자살하게 된다. 결국 죽일 수 있는 상대가 교관밖에 남지 않게 된 6A는 교관을 마구 난도질하기 시작한다. 요르하 기체가 아닌 강화 안드로이드였던 교관은 압도적인 성능 차이로 인해 6A에게 계속 난도질 당하고 있었으나 결국 SS를 이용하여 6A의 블랙박스 반응로를 폭주, 폭발시키는데 성공하며 6A와 함께 사망한다.
한편 바이러스에 오염된 21S가 9H와 22G를 모두 죽이려는 순간 2D가 난입하여 21S를 제압하고 9H에게 자신이 논리 바이러스 오염으로 미치게 되면 죽여줄 수 있겠냐고 물어본다. 9H는 죽이지 못하겠다고 하고 2D는 그렇게 대답할 줄 알았다고 한다. 그리고 2D는 21S를 죽이는데 성공한다. 21S와 전투 도중 바이러스에 오염된 2D는 거짓 신분으로 생활하고 있던 자신이 9H와 함께 있으면 구원받는 느낌이었다며 자신이 E형 모델인 사실을 밝히고 22G에게 9H를 부탁한 뒤 자살한다.
부상당한 4G의 주위를 칵터스가 서성인다. 칵터스는 바이러스 오염으로 자살한 것처럼 보였으나 사실은 팔이 고장난 것 뿐이었다. 바이러스 오염으로 위장한 것은 겁쟁이 나름의 생존 방법이었다고 하며 나머지 레지스탕스들은 칵터스가 장전한 탄환이 모의탄이었기 때문에 죽지 않고 기절한 것이었다. 살아남은 4G에게 벙커로부터 통신이 들어오고 6O가 구원 부대의 파견을 알린다. 뒤를 이어 2B가 연결되고 구출하러 갈 것이라는 얘기를 듣게 된다.
9H는 2D의 SS를 발견하게 되고 SS에게 2D의 기록을 전부 삭제하라고 하나 인류 회의에 보고하기 전에는 삭제가 되지 않는다는 응답과 함께 2D가 남긴 메시지를 듣게 된다. 또한 요르하 남성형 모델은 여성형 모델에 비해 전투 성능은 좋으나 조직 운영에 불안정성이 있었기 때문에 전부 재포맷화 이후 S모델로 재등록될 것이며 요르하 부대는 여성형 모델 위주로 운용될 것이라는 이야기를 듣게 된다. 결국 9H는 자신들이 버리는 장기말이었다는 것을 알게 되며 무대는 막을 내리게 된다.

9. 기타

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본편 종료 후에도 다양한 의문점이 남았으며, 각종 단편소설과 낭독극 및 설정집 Q&A 등으로 해결된 의문이 있는가 하면 추가로 투척된 떡밥들도 있다. 그런 기타 요소들은 이 항목에서 모두 정리한다.
0. 제목 그 자체. 니어 시리즈 고유의 스포일러. 전작의 주인공인 니어가 니어=레플리칸트, 니어=게슈탈트 양쪽에 해당된다는 것을 생각했을 때 본작의 니어=오토마타는 즉 니어가 곧 오토마타(오토마톤의 복수형. 자동기계들이라는 의미)라는 중의적인 해석이 가능해진다. 이를 뒷받침하는 떡밥은 기계생명체 네트워크 개념인격, 즉 N2가 생겨날 때 게슈탈트 계획에 관계된 구형 양자 네트워크에서 (1) '''명칭 등이 기록되지 않은''' 인류의 기억 코어를 흡수해 진화하였고(= 전작 엔딩에서 니어의 존재가 소멸). 그리고 (2) 그 인류는 게슈탈트 계획의 중추와 관련된 인물이다(= 마왕, 즉 오리지널 게슈탈트인 니어)라는 점에서, N2가 게슈탈트 니어(원형인 인간)의 기억을 습득했다고 보는 설이 있다. 다만 이 경우 붉은 옷의 소녀라는 모습이 어디서 온 것인가 하는 의문이 남기는 한다.[77] 참고로 설정집에 수록된 요코오 타로의 Q&A에서도 해당 인물이 어떤 인물인지를 묻는 질문에 대한 답은 '노 코멘트' 단 한마디.
1. 기계생명체는 코어가 파괴되면 수복할 수 없다. 그러나 기계생명체 네트워크에 연결되어 있으면 이를 통해 자아를 보존하며 사실상 죽지 않는다. 요르하 부대 또한 데이터를 벙커에 업로드함으로써 현재 의체가 파괴되어도 다른 의체로 자아와 기억을 그대로 지닌 채 부활할 수 있다.
→ 단 파스칼의 마을에 있는 기계생명체들은 의도적으로 네트워크에서 벗어났으므로 한 번 죽으면 끝이다. 안드로이드든 기계생명체든 네트워크에 연결되지 않은 상태에서 코어(요르하타입 안드로이드의 경우 블랙박스)가 부서지면 그대로 끝이다. 벙커 파괴 후에는 죽으면 그대로 게임오버인 것과 마찬가지.
2. 데볼&포폴이 9S를 탑에 입장시키며 우리들처럼 후회말라는 뉘앙스의 이야기를 한다. 직후 데볼과 포폴의 뒷이야기를 볼 수 있는데 이들은 실패한 게슈탈트 계획의 관리자였던 전작의 그 자매와는 다른 구역을 맡은 동형기이다. 다만 동형기일 뿐 전작에 나온 데볼&포폴 본인들은 아닌데, 과연 이들이 말한 후회가 전작의 사건을 말하는 것인지 아니면 다른 일을 말하는 것인지는 불명.[78][79]
[80]
3. 9S의 해킹능력으로는 들어갈 수 없었던 탑의 내부에서 9S를 막아서는 다수의 2B형 안드로이드
→ 이는 9S가 2B와의 접촉으로 월등한 성능을 보여줬는데, 스캐너 타입인데도 불구하고 상당한 활약을 했기에, 2B가 트리거라고 인식한 네트워크 생명체가 한 일이라 추측된다.
4. 공략설정자료집의 Q&A 코너에 기계생명체의 눈이 붉게 변하면서 공격성을 띄는 것에 대한 간단한 설명이 있는데 기계생명체가 공격성을 띄는 것은 네트워크의 통제가 풀리면서 원래의 설계대로 인류를 공격하려는 성향이 발현되는 것이라고 한다. 즉, '''평화롭게 있는 것이 통제상태인 것이다.''' 참고로 붉은 눈은 드래그 온 드라군 시리즈의 붉은 눈과 관계가 있다고 한다. 또한 복제된 도시와 탑의 내부가 하얀 것은 백염화증후군과 관계가 있다고 한다. 그러나 관계가 있다고 했을 뿐 구체적으로 어떤 연관성이 있는지는 밝혀지지 않았다.[81]
5. 마지막 A2와 9S의 대결에서 9S는 모든 걸 안 뒤 A2에게의 증오 외에 다른 것에는 자포자기 상태이다. 증오에 대한 떡밥은 B루트 아담 납치사건 때 모습을 드러내게 되며 이후 2B에 대한 애증으로 변질된다.[82] 반면 A2는 9S를 부탁한다는 2B의 유지를 잇는 상태로 엔딩이 C든 D이든 9S를 직접적으로 죽이지않는 걸 보면 이를 알 수 있다.
6. 작중 전멸한 것은 어디까지나 요르하 부대일 뿐 다른 인류군 안드로이드 부대 및 기지는 멀쩡하다. 애초에 벙커가 날아간 것도 처음부터 그렇게 계획되었던 것일 뿐, 안드로이드 세력이 패배했다거나 한 것은 아니다. 추후 스토리 DLC나 후속작이 나온다면 다른 부대의 이야기가 나올 가능성도 있다.
→ 어떤 결말로 흐르든 마왕을 죽인 시점에서 인류멸망이 완전히 확정된 전작과는 달리 본작의 요르하 전멸은 어디까지나 계획의 일부이고 네트워크 개념인격이 인류군을 완전히 박살내거나 한 것은 아니기에 훨씬 희망적이다. 또한 인류군은 물론이고 기계생명체나 구 안드로이드들도 지구상에 남아 있는 만큼 만약 후속작이 나온다면 굳이 수천 년을 건너뛸 필요 없이 안드로이드와 기계생명체의 이야기를 계속 이어갈 수도 있다. 무엇보다 공연된 낭독극을 기준으로 한다면 주인공들도 멀쩡하게 살아 남았으며 후속작에 쓸만한 내용(요르하 계획의 생존자인 주인공 일행과 다른 안드로이드들이 적이 되는 전개 등[83])도 있고, 설정 연표를 보면 본편으로부터 몇백 년 뒤에 기계생명체들이 네트워크를 재구축하고 기계생명체 진영이 둘로 분열하는 등 떡밥거리도 넘쳐난다. [84][85]
7. 트레일러에서 ??로 소개된 인물은 결국 네트워크 개념인격으로 밝혀지고 작중 자멸한 것처럼 나오기는 하나 D엔딩에서 죽기 직전의 9S에게 말을 걸어왔기 때문에 살아있는 것이 확인.[86]
8. 9S와 2B는 서로 소중한 존재로 이는 프롤로그부터 엔딩에 이르는 내내 다양한 연출을 통해 드러난다. 가령 3회차 진입 이후 2B는 바이러스에 침식되어 정신을 잃어가면서도 9S를 걱정하다가, A2에게 살해당하는 순간에 자신에게 달려오는 9S를 바라보며 그의 애칭을 읊조린 것이 그대로 그녀의 유언이 되어버린다.[87] 그리고 D엔딩 마지막에 드러나는, 2B가 A2에게 남긴 마지막 부탁 또한 "9S를 부탁한다"는 것. 이후 수몰도시에 추락한 2B의 비행유닛을 조사하면 '그녀가 9S에게 남긴 숨겨진 메세지를 들을 수 있다.'[88] 또, 3회차 9S루트 서브퀘스트 진행시 에밀의 보금자리에선이러한 이벤트도 존재한다. 9S의 경우에도 그의 기억을 들여다볼 수 있는 장면에서 떠오르는 이미지들 모두가 2B와의 추억들 뿐. 그리고 그걸 자신의 보물이라고 말한다. 거기에 9S 앞에 2B와 똑같은 2B 무더기가 등장해 죽이려고 하자, "여기서 만나서 다행이다... 정말 다행이다[89]... 하나도 남김없이... 산산조각 내겠어!"라거나 "2B... 2B...!! 2B!!!!지금... 지금...! 죽일 거니까!!!"하고 맛간 발언도 하며 팔이 잘려 쓰러졌음에도 옆에 2B의 의체의 손을 자신의 볼에 가져다 얻으며 잠시 그리워 하더니 곧바로 복수라는 의지 하나만으로 바이러스의 위험도 무시한 채 그 팔을 뜯어 자신의 팔에 붙이는 모습도 보이는 걸 보면 9S가 2B 사망 이후 어디까지 나락으로 떨어졌는지 알 수 있다. 성우의 연기가 매우 출중해서 더욱 소름돋는 장면이기도 하다.[90]
9. 9S 스토리로 진행하다보면 중간중간 안드로이드의 이야기를 담은 동화 이야기가 등장한다. 이 이야기들은 메인 스토리와는 별개로 단순히 해당 기계생명체의 과거 이야기였다. 기계생명체 항목 참조.
10. 공개된 컨셉아트 중에서는 기계생명체의 내부 얼굴골격이 있는 컨셉아트도 존재한다. 문제는 이게 아무리 봐도 '''에밀의 얼굴과 유사하다는 것.''' 실제로 에밀은 기계생명체의 머리통에 봉인되어있기도 하거니와, 에밀의 개인 퀘스트를 끝까지 수행하면 기억을 얼추 되찾아 회상을 하는데 '''이성인 침략 당시까지 거슬러 올라간다.''' 무언가 확실히 연관이 되어있긴 한 모양.(영상)[91] 그러나 그 내용은 기계생명체의 기원 정도만 설명해줄 뿐 결국 에밀 본인은 스토리 내내 메인 스트림에 연관된 적이 없다. 그대로 맥거핀이 될 것 같았으나... 에밀 참조.
11. 드래그 온 드라군과의 접점인 마소는 어떻게 되었는가에 대해서 명확한 설명이 없다.
→ 다만 미쳐버린 에밀이 보스로 나오는 히든 보스전에서 마소가 나오는 걸로 봐서 아직도 지구에 마소가 농도가 짙든 적든 남아있기는 한 모양. 4O식 참기도 웨폰스토리를 보면 금속과 마소를 섞은 합금으로 무기를 만들려는 프로젝트도 있었으니 마소 자체는 남아 있으며 단지 등장인물 중 인간이 없다보니 큰 영향을 받지 않은 듯하다. 단 참기도 웨폰스토리를 감안하면 안드로이드라도 마소를 본격적으로 접하게되면 사망에 이르는 것일 수도 있다.
→ 설정집에 의하면 안드로이드가 쓰는 기술같은 것도 마소의 응용이라고 한다(!). 이를 바탕으로 추측해보면 요르하 부대원들이 무기를 공중에 띄우거나 포드 프로그램을 통해 보호막 또는 에너지체(?) 공격을 할 수 있는것이 '''실은 모두 마소를 응용한 마법 기술'''이라는 추론도 할 수 있다.[92][93] 어느정도 일리가 있는것이, 인류가 전작에서 멸망했을 당시 기준으로 진보된 과학 기술이라던가는 이미 사라진지 오래였고[94], 그렇다고 본작의 시간대인 120세기의 현 안드로이드들의 기술력을 봐도 요르하 타입이 아닌 일반형은 무기로 AK나 바주카를 쓰는 등, SF에서나 나올법한 미래세계의 과학기술을 확보한 것으로는 보이지 않기 때문에 오히려 요르하 타입의 그런 특수 능력과 기술들이 모두 (마소를 이용한) 마법이라는 추론을 할 수 있는 것. 단 이것이 사실이라면 왜 일반형 안드로이드는 마소 응용 기술을 사용하지 않으며 참기도 웨폰 스토리에 나온 안드로이드의 사망의 원인은 무엇인지 의문이 남긴 한다.[95]
12. 엔딩 D에서 E로 이어지는 스토리 라인을 감안할 때 지구에서 인류가 부활할 가능성은 0%에 한없이 가깝다. 마소 관련 사안도 짚고 넘어가지 않은 채 그대로이며, 레플리컨트-게슈탈트 문제는 여전히 해결되지 않은 채 파국을 맞이했다. 그나마 Ｄ엔딩에 의하면 네트워크 개념인격이 문 서버를 공격하지 않고 우주로 떠났다고 나오기는 하지만, 데볼과 포폴의 회상에 의하면 애당초 달에 인류의 마지막 유전정보를 보존한 것 자체가 거의 회생 가능성이 거의 없음에도 불구하고 안드로이드의 인류 보호 본능 때문에 한 행위일 뿐이라고 묘사되는 만큼, 이 모든 것을 종합해 볼 때 후속작에서 의외의 반전을 꾀하지 않는 이상 니어 세계관에서 인류를 볼 일은 두 번 다시 없을 듯하다. 애초에 현재 인류는 멸종 상태이며, 문 서버에 남은 유전 데이터로 인류를 부활시키는 것만이 유일한 방법인데 작중에서도 가능성이 거의 없다고 하니... 당장 안드로이드 진영도 이 데이터로 인류를 부활시키려는 노력은 하지 않고 있다.
13. 이 모든 비극은 결국 목적을 위해 탄생했던 존재들이 자신들이 제작된 이유에 의해 멸망한 것이나 다름없다. 안드로이드들은 인류를 위해 적을 쓰러트린다는 목적을 위해 공포에 떠는 기계들조차 자비없이 참살했고,[96] 기계생명체는 자아 형성과 함께 평화적인 길을 모색하는 등, 안드로이드들보다는 나았지만 자아가 형성되기 전에 이성인이 명한 대로 자아 없이 안드로이드들을 참살하였고 대부분의 기계생명체들이 이를 유지하고 있었기 때문에 그 갈등은 극에 달했다. 결국 안드로이드와 기계생명체는 원래 주인 대신 새로운 주인에 의해 폭주, 자멸하고 말았다. 이 모든 것이 기계생명체의 진짜 본체인 네트워크 개념인격이 짜놓은 플랜이지만, 아이러니하게도 인간을 닮고자 한 그 욕구로 인해 네트워크 개념인격 자신조자 둘로 분열하여 스스로를 파괴시킨 걸 보면 자신들의 존재 이유로 인해 파멸한 것이나 마찬가지다. 전작인 니어 레플리칸트에서도 레플리칸트와 게슈탈트가 서로 소통을 못해 공멸했던 걸 생각하면 전작의 비극이 반복된 거나 다름없다.
14. 링크 참조 요르하 E형에 대한 이야기를 담은 사이드퀘스트. 레지스탕스가 자신의 친구를 죽인 범인을 찾아달라며 의뢰를 하는데 포드의 메모리를 해킹한 결과 범인은 의뢰자 자신이었다. 처형모델인 요르하 E형인 자신은 친구나 동료를 죽이라는 명령을 반복해 받은 끝에 기억소거를 한 모양. 마음이 부서진채로 떠날때 친구를 처형하려면 자신에게 의뢰해달라는 이야기를 한다.
이때의 9S는 아직 E형의 정보를 모르는 상태. 2B에게 E형이라니 그런 기체도 있었냐고 묻지만 2B는 모르는게 나은 일도 있다며 대답. 약간 이상한 점은 게임 최초시점 요르하 부대의 강하 작전 중에 E형의 요르하 부대원이 포함되어있다. 팬덤에서는 당시 프롤로그가 2B(2E)시점이기에 원래 E형인 2B에게는 숨어 있는 E형의 정보가 정상적으로 보인 것이고 이것이 2E의 복선 아니냐고 추측하고 있다. 하지만 E형 자체는 특별히 비밀리에 활동하는 모델은 아니고, 작전 중 손상으로 이동불능이 되었을 때 적에게 포획되어 정보가 유출되는 것을 막기 위해 처분하기 위해 준비된 모델이라고 요코오 타로가 직접 밝혔다. 링크 참조
15. 처음 레지스탕스캠프에 들어서면 지휘관 아네모네가 2B를 보고 "너희들은... 2호..."라고 중얼거린다. 그리고 9S가 2B를 아냐고 묻자 벙커에서 미리 연락을 받았다며 얼버무린다. 아네모네는 A2와 작전을 함께한 적이 있었기에 2B를 보고 A2를 떠올린 것이다. 애초에 2B는 A2를 기본 베이스로 제작된 모델이기도 하니까 어찌보면 당연한 일이다
16. 2B는 A2의 퍼스널리티 데이터를 기반으로 만들어진 일종의 자매기이며 이 때문에 A2와 2B는 정신적으로도 육체적으로도 거의 동일한 개체다. 작중 연출로는 긴 머리 때문에 전혀 다른 개체로 보였던 A2가 2B를 죽인 후에 머리를 자르면서 2B와 동일한 모습이 되는 것으로 표현되었다.
17. A2는 2B의 정체를 알고 있다. 사실 본편 이전에도 A2는 몇 차례 2B, 9S 각각의 기체와 싸운 적이 있다. 이 내용이 등장한 오토마타 콘서트 낭독극에서는 A2에게 A2 처형을 위해 벙커에서 파견 된 2E라고 자신을 밝히며 대적하는 내용과, 4번째 만나는 9S기체와 교전하는 내용이 존재하는데 이때마다 A2가 그들을 살해했던 것으로 보인다. 2B와 9S는 살해당한 기억이 없지만 2B는 (기억이 없어서) 초면임에도 불구하고 묘한 위화감을 느낀다.[97]
18. C & D엔딩에서 9S의 과거와 심정이 나오는데 앞서 A2에게 들은바와 마찬가지로 '고기능 모델인 9S가 결국은 진실에 도달하기에' 9S는 2B가 자신을 계속해서 처단해왔던걸 이미 알고 있었다.(D엔딩의 9S 독백에서 나옴. 네트워크 개념인격이 보여준 내용이 아님) 자신에게 2B가 거리를 두려 하는것이 그것 때문이란 것을. 그리고 이 부분은 단편소설과 낭독극 등을 통해 더욱 자세하게 다뤄지는데, 9S는 2B가 자신을 감시하기 위해 파견된 감시역임을 처음부터 알고 있었으며 몇 번 죽은 후에는 2B에게 계속 살해당해왔다는 것도 알게 되었지만, '''죽은 후에는 기억을 잃어서나마 다시 2B를 만날 수 있기에''' 매번 2B에게 살해당하는 쪽을 택한다. 2B가 9S를 계속 죽여야 한다는 걸 견디지 못하고 9S에게 자신을 죽여달라고 했을 때도 9S는 이런 이유로 오히려 자해한다.
19. 요르하 부대 사령관 왈 월면기지에는 인류의 유전자 정보와 극소수 유지 관리 인원(안드로이드)밖에 남아있지 않다고 했는데, 사실상 부대 전체가 쓰고 버리는 말인지라 그녀 또한 조작된 정보를 넘겨 받았을 가능성이 크다. 새로운 안드로이드 부대를 편성하고 재배치하기 위해서는 요르하보다 상위 조직의 존재성이 필수 불가결한데, 작중에선 이에 대한 아무런 설명이 없다.
→ 단편소설에서 문 서버 시설에 존재하는 안드로이드가 단 한 명뿐임이 드러났다. 또한 설정집에 의하면 요르하보다 상위 조직은 따로 존재하지 않으며, 다만 입장이 대등한 다른 인류군 부대들이 위성 궤도나 지상 등지에 존재한다고 한다. 입안자도 사망하고 없는 요르하 계획에 따라 요르하 부대를 조직한 것은 자동화된 계획 그 자체로 추정된다.
20. 드래그 온 드라군 시리즈와 니어 시리즈는 일종의 평행세계다. DOD3의 설정에서 밝혀지길 서기 856년에 대재앙[98]이 일어난 세계관이 DOD이며, 대재앙이 일어나지 않고 정상적으로 흘렀다가 DOD E엔딩으로 2000년대 초반에 마소가 발생한 것이 니어 세계관이다. DOD에서 말하는 구세계나 두 세계관 모두에 존재하는 안드로이드 아콜, DOD 교회도시와 니어 오토마타 폐허도시의 유사성 등을 기반으로 DOD가 사실 니어 오토마타의 미래 아니냐는 추측이 있었으나 이는 사실이 아니다. DOD에서 말하는 구세계는 대재앙으로 솟아오른 도시의 문명을 말하는 것이며 상술했듯이 DOD와 니어는 856년의 대재앙을 기점으로 갈린 세계관이기 때문이다.
이 대재앙으로 솟아오른 도시의 정체는 콘크리트 건물들로 이루어진 도시라는 점, 옥타의 소설에 현대의 책[99]들이 있다는 점들을 들어 최소한 현대 이후의 어느 시점에서 전이되어 왔다고 볼 수 있다. 또한 이 전이설은 DOD3 한정판에 동봉된 특전 소설 '미카엘 사라져가는 자들'에서의 미카엘의 발언인 '원인불명의 대폭발이 일어나며 세계의 지형이 변했으며 갑자기 인간과 아인이란 종족들이 나타났다'와 대재앙을 인간의 관점에서 본 '거대한 지진과 함께 도시와 용과 괴물 등이 나타났다'는 사실이 맞물리며 일본 쪽에서는 정설로 받아들여지고 있다. 또한 니어:오토마타의 설정집에 실린 연표에 인류군이 병기로 드래곤을 만들고 운용했다는 사실이 실려있어 서로 어울리지 않는 드래곤과 현대 도시의 상관관계가 밝혀졌다. 이 전이설이 사실이라면 교회도시는 어느 시간대의 어떤 도시가 날라왔는지, 마소의 최초 유래는 어디인가, 그리고 이 대재앙은 왜 일어났는가에 대한 의문점이 남는다. 니어 오토마타 설정집 '제243강하작전지령서'에서 마지막으로 팬들에게 하고 싶은 말이 있냐는 질문에 저주의 원흉은 대재앙의 날[100]이라는 답변을 하였으니 차기작에서는 해당 떡밥을 회수할 것으로 예상된다.

또한 바로 아래 21번 항목에 언급되어 있는 아콜은 DOD에도 등장하는 만큼 어떤 식으로든 연관은 있다. 니어 시리즈에선 직접 얼굴을 내밀지는 않지만 아콜이 두 세계 모두에 존재하는 것. 이전엔 DOD가 니어의 미래라는 추측의 근거로 쓰였고, 평행세계 공인으로 그것이 부정된 지금도 아콜이 두 세계관 모두를 관통한다는 점은 남아 있다. 다만 그 이상의 정보가 없어서 구체적인 추론은 아직까진 어려운 상황.

21. 4O식 전술창 웨폰스토리에 '버그'가 있다. 해당 전술창 스토리에서는 42S가 소속된 북부 12C 방위부대가 전멸했다고 나오는데 정작 이 부대는 멀쩡히 살아서 인게임의 그륀전에 나타난다. 수몰도시의 옛 거대병기를 상대할 때 비행유닛을 타고 나타난 부대가 바로 그들. 즉 현실과 웨폰스토리가 일치하지 않는 '버그'인 것이며 이것에는 '''아콜이 관련되어 있다'''고 디렉터 요코오 타로가 디너쇼에서 직접 발언했다. 그런데 DOD3의 스토리를 본 사람은 알겠지만 아콜은 다른 시간선을 넘나들며 관측할 수 있는 존재로 DOD3의 멀티엔딩은 사실상 아콜의 힘으로 볼 수 있는 거나 다름없다. 이를 토대로 생각해보면 4O식 전술창에 관련된 부대는 사실 정말로 전멸했는데, 이는 다른 시간선들 중 하나에서 일어난 일이고 아콜이 이 창을 현재의 시간선으로 가져와서 웨폰스토리와 현실에 충돌이 일어났다는 추측이 가능하다.[101]
22. 전송 장치는 완성된 안드로이드 개체가 들어 있는 것이 아닌 안드로이드를 만들수 있는 재료가 들어 있고 전송 목적지에서 조립 후 안드로이드의 자아 데이터를 설치하는 구조로 되어 있다고 한다. 생긴대로 인스턴트 안드로이드 자판기(!)였던셈.
23. 현재 요르하 부대의 제식 타입은 다음과 같이 분류된다.

• B: 배틀 타입. 주된 역할은 공격수. 그 외 별다른 기능은 없으나 그만큼 전투에 특화되어 있다. 경우에 따라서 후술할 E 유닛으로서의 기능과 임무를 부여받는지, 아니면 모든 배틀 타입이 엑스큐트 타입으로서의 역할을 겸하는지는 확실치 않다. 다만 작중 묘사로는 엑스큐트 타입이 배틀 타입으로 위장하는 것에 가깝기에 배틀타입 자체는 엑스큐트 타입과 상관없는듯. 참고로 배틀 타입은 초기 모델에 나뉘어 있던 A(어택커/근접)와 G(거너/원거리) 타입을 합친 것이다.
• D: 디펜스 타입. 주된 역할은 수비수. 본편에서는 A루트 프롤로그의 대장인 1D와 벙커 격납고에서 서브퀘를 주는 16D 외에는 딱히 부각되지 않는다.
• H: 힐러 타입. 주된 역할은 메인터넨스. 요르하 안드로이드는 물론 포드나 각종 기계설비도 수리할 수 있다. D형과 마찬가지로 작중에선 부각되지 않고, 등장도 A루트 프롤로그의 12H 와 단편소설 중 H타입이 주인공인 소설 하나 뿐이다.
• O: 오퍼레이터 타입. 주된 역할은 상황 관리 및 지시. 자기가 담당하는 부대원과 관련해서 비행 유닛을 점검하는 등 정비기능도 가지고 있다. 애당초 요르하 부대 자체가 소규모 집단이니 만큼 오퍼레이터는 자기가 담당하는 유닛의 기술적인 케어 또한 담당하는 것으로 보인다. 이는 페어를 이룬 요르하 유닛들 사이에서도 이루어져 9S가 2B의 기능점검을 수행하는 모습이 종종 나온다. 역할이 역할이다보니 지구로 내려오는건 규정상 금지되어 있다고.[102]
• S: 스캐너 타입. 주된 역할은 정보 수집과 분석. 또한 전자전이 특기로 기계생명체는 물론 안드로이드 역시 해킹해 제압할 수 있다. 그러나 직접 전투에 있어서는 취약한 편이며 무기 또한 한 세트당 하나밖에 착용하지 못하는 등 제약이 있다. 시나리오 최후반부에서 9S가 2B 무리를 쓱쓱 베어넘긴 것은 극한상황에서 자기 한계를 넘었을 뿐, 본래부터 스캐너 타입이 강한 것은 아니다.[103]
• E: 엑스큐트 타입. 주된 역할은 탈주하거나 오염되어 적대시 된 요르하 부대원의 처형. 이를 위해 레이더 상에서의 식별신호 은폐 등 대 요르하 유닛 기능을 지닌다. 서브 퀘스트 '기억상실'에서 소개된다. 평소에는 B타입으로서 활동하나 임무수행시 해당 기능을 활성화시키는 것으로 보인다.[104][105]
• 번외-사령관: 엄밀히 말하자면 요르하 부대가 아니라 인류군사령부 직속 계급에 속한다. 정보 취합 및 의사결정이라는 특성상 스캐너 타입과 기능이 겹칠듯 하나 사령관 타입만의 구체적 기능에 관해서는 알려진 바가 없다. 일단 전투능력이 젬병 수준인 것은 확실하다.(...)[106]

또한 제식 타입은 당사자의 의사/사령관의 허가에 따라 변경할 수 있다. 벙커에서 NPC와대화해보면 타입변경을 고려중인 NPC가 존재하며 16D 또한 퀘스트 완료 후 B타입으로 변경할 생각이라고 한다. 실제로 극 후반부에 오퍼레이터 타입에서 배틀 타입으로 전환한 사례가 게임상에 등장한다. 이를 볼때 요르하 유닛 각각의 기능은 신체에 귀속되어 있는 것이 아니라 일종의 모듈형식처럼 교체가 가능하다고 유추해볼 수 있다. 그러나 기능을 제외한 각 유닛에게 스펙 차이가 전혀 없는 것은 또 아니다. 가령 A2의 후계기인 2B는 A2가 가진 극한상황에서의 적응능력을 가지고 있다.[107] 이는 다른 요르하 유닛에게는 없는 2B만의 고유 특성으로 취급된다.
일단 숫자는 인격형식을 나타내며 알파벳은 기능형식을 나타낸다고 한다. 인격형식에 적합한 기능형식을 부여하여 각각의 요르하 유닛을 구성하는 것으로 보인다. 이를 보자면 스캐너 타입이 호기심이 강하도록 만들어져 있다는 것은 호기심이 강한 인격형식에 스캐너 기능형식을 부여한다는 의미일 것이다. 혹은 각종 정보를 파고들어 살필 수 있는 스캐너 타입의 특성상 다른 타입에 비해 호기심이 강해지는 것이거나.

23. 위성기지의 존속 과정이 다소 부자연스럽다. 이성인들은 애초에 외계인이니 당연히 우주로 진출하는 기술쯤이야 있었을 것이고, 이성인이 목격되지 않은 건 오토마타 본편 기준 겨우 몇 세기 전부터의 일이다. 기계생명체 자체의 기술력은 우주 진출이 가능했을지 불분명하지만 적어도 이성인들은 가능했을 텐데, 자기들의 주적이 그런 존재들인데도 인류군은 안전한 곳에 기지를 만든답시고 위성기지를 13개나 세우고 이성인과 기계생명체 진영은 그걸 또 방치한다.[108][109] 심지어 N2는 문 서버를 공격하고자 했을 때 이성인의 기술이나 다른 것들을 활용할 생각은 않고 탑이라는 전대미문의 로켓포(...)를 만들었을 정도. 물론 이성인의 우주항행이 단순히 항행만 가능하고 전투를 할 수 있는 수준은 아니라는 식으로 설명할 순 있겠지만, 그렇더라도 기계생명체 진영이 우주 기지를 공격하는 묘사는 어디에도 없었다. 헌데 그런 상황인 주제에 '''벙커는 백도어만 열면 섬멸될 거라고 단정된 상태다.'''[110][111]
백 번 양보해서 벙커의 몰락은 백도어를 통한 바이러스 감염을 사전에 유도하는 시스템이었다고 하면 설명은 되고, 기계생명체 진영이 벙커를 물리적으로 공격하지 않았던 것은 N2가 기계생명체의 모순[112]을 일으키지 않기 위해서였다고 치더라도 안드로이드 진영이 왜 외계에서 온 자들의 병기를 상대로 위성기지 위주로 버틴다는 낙관적인 생각을 했는지는 다소 의문이 남는다.[113][114]
24. 요르하 부대에는 M002라는 남성형 안드로이드로만 구성된 실험부대가 있었으나 쿠데타를 일으켰다가 제압당한다. 또한 이때 도주한 기체가 기계생명체와 융합하여 태평양지역에 막대한 피해를 입혔다. 이 때문인지 요르하 부대에는 여성형 안드로이드가 압도적으로 많다.

[1] 연표상의 날짜도 진주만 공습에서 만년 뒤이므로 진주만 공습이 모티브인 것은 확실해 보인다. 둘 다 멸망의 전주곡이 된 작전이라는 것이 이런 이름을 따온 이유일 테지만 자칫하면 우익 논란에 휩싸이기 쉬운 주제이기도 하다. 또한 제14차 기계병기전쟁은 제2차 세계대전과 만년의 시간차를 두고 발생한다.

[2] 이때는 A2가 아닌 2호라는 명칭으로 불린다. 이는 니어 오토마타 초반의 대장기가 격추당해 2B가 대장 대행을 하는 것과 동일선을 그린다.

[3] 1호가 대장이었으나 강하 도중 격추당해 사망하여 A2가 대행으로 수행하게 된다.

[4] 어태커 2호(A2)와 4호, 거너 16호, 스캐너 21호.

[5] 이때 참전한 레지스탕스들 중 한 명이 현재 레지스탕스 캠프의 아네모네다.

[6] 이때 무전이 돌아와서 A2가 지속적으로 사령부에 지원을 요청했지만 지원이 가능했음에도 사령관은 칼같이 무시했다. 애초에 임무의 성공 여부와 관계없이 A2 일행은 새로운 안드로이드를 위한 전투 데이터를 수집하려고 사령부에서 죽으라고 보낸 부대였기 때문이었다.

[7] A2 이외에도 임무 파기 및 저항군 캠프의 물자를 약탈한 탈주 부대를 추적하는 서브 퀘스트가 존재한다. 그들과 싸우다 보면 탈주병들이 2B와 9S에게 '아무것도 모르는 주제에!'라며 비난하기도 하는데, 탈주병들을 모두 제압하고 레지스탕스 캠프에 가면 물자가 약탈된 적은 없다는 대답이 돌아온다. 이를 의아하게 여긴 9S가 벙커와 연락을 취하나 기밀 사항이란 이유로 해명을 거부한다.

[8] 3회차에 기계생명체에 대한 A2의 반응을 보면 개인적인 원한에 의한 것이 더 큰 것 같다.

[9] 2B의 발음인 to be를 붙이면 'to be or not to be'가 되어 햄릿의 대사인 "사느냐 죽느냐 그것이 문제로다"의 일부가 된다. 이후 요코오 타로가 저 문구를 의식하고 이름을 지었다고도 언급했다.

[10] 이 엔딩 이후, 모든 데이터를 삭제할지 안할지 고를 수 있다.

[11] 예로 들자면, T 엔딩인 fa'T'al error는 스킬 메뉴에서 OS칩을 삭제하면 볼 수 있다. 자기 운영체제를 날려버린 거랑 다름없으며, 칩 메뉴에서도 OS칩을 빼면 요르하 기체가 사망한다고 뻔히 적혀있다.

[12] 엔딩 Y가 대표적이다. 에밀 문서 참고. 상황이 시궁창이긴 하지만 A~E엔딩처럼 구체적으로 묘사되진 않아서 크게 와닿지 않는 편이다.

[13] 보면 알겠지만 문장을 그대로 로마자로 쓴것이며, 'あじをくった', 전갱이를 먹었다. 라는 참으로 솔직담백한(...) 엔딩 멘트다.

[14] 다른 구역의 폭주한 데볼/포폴 모델에 대한 이야기는 니어 레플리칸트의 이야기인데 이 결과로 게슈탈트 계획이 실패했다고 나온다. 즉, 오리지널 게슈탈트가 극소수도 아니고 니어 한명 밖에 없었던 상황으로 보인다. 니어 레플리칸트 드라마 CD에서도 니어를 유일한 왕이라고 불렀으니 그 이후로도 오리지널 게슈탈트 적합자는 찾지 못한 것이다.

[15] 게임 플레이상 이게 확실해지는 시점은 2회차 중후반부 9S가 벙커의 서버를 해킹할 때다.(2B가 파스칼과 사이비 교단을 만나고 있는 시간) 물자가 없는 달에 사는 인류를 위해 지상에서 쏘아올리는 보급 로켓들은 거의 전부 다 아무것도 안 들어있는 가짜였고, 요르하 부대를 만들었다는 "인류 의회"는 사실 거꾸로 안드로이드들이 만들어 냈다는 사실을 알게 된다.

[16] 구체적으로 어떤 형태였는지는 불명이지만 요르하 계획의 전모를 다룬 낭독극에서 베이스모델 9호가 전송한 요르하 플랜이 바로 월면기지로 간 것이며 거기서 요르하 계획이 시동된 것이다.

[17] 고대 골리앗이라는 영문판의 번역 미스로 인해 일부 기계생명체는 원래부터 있었다는 오해가 자꾸 생기는데, 게임을 해봐도 알 수 있고 설정집에도 나오듯 모든 기계생명체는 이성인 지구 침공 이후 현지 생산된 것이다.

[18] 기억 코어의 본래 성능, 즉 이제까지 쌓아온 데이터는 보존한 상태에서 기억 데이터를 말소한 것.

[19] 본작에서는 인류군사령부라는 이름만 나오고 인류군에 대한 언급은 없지만 니어 오토마타 공략설정 자료집에는 요르하 외의 인류군에 속한 안드로이드 조직 중 일부가 간단하게나마 적혀있다.

[20] 달에 인류가 살아서 도망쳤다는 것만이 거짓이며 달에는 게슈탈트 계획 실패 당시 인류의 불완전한 유전자 정보를 포함한 잔존 데이터를 보존하고 있는 서버가 따로 있다. 물론 이것을 이용해 인류를 다시 되살릴 가능성은 거의 불가능에 가깝다.

[21] 이는 현실에서 성 또는 저택 등에 비밀통로를 만든 뒤 참여한 설계자와 노동자를 전부 죽여 비밀을 유지한다는 괴담과 동일하다.

[22] 여담이지만, 해당 글에 언급된 P-33은 니어 레플리칸트에서 게슈탈트 소년을 지키다 니어한테 파괴당한 그 로봇이다.

[23] 기계생명체는 "적을 전멸시킨다"라는 기본 행동원리로 동작하는데, 안드로이드를 전멸시킬 경우 전멸시켜야 할 적이 사라진다. 즉, "적을 전멸시킨다"를 행하기 위해선 "적을 전멸시켜선 안 된다"는 모순점이 발생한 것.

[24] 설정집에 의하면 이때 바이러스 해킹 공격의 이유는 두 가지가 있는데, 하나는 요르하 부대가 총공격해서 단순히 반격에 나선 것, 다른 하나는 N2의 변덕 때문이었다고 한다. 어찌 보면 이때 이미 N2의 자아가 분열될 조짐이 있었는지도 모른다.

[25] 참고로 파스칼이 A&B엔딩 클리어 이후 A2 플레이 도중에 자신의 마을의 아이들이 전부 자살해 버리자 A2에게 기억을 삭제하거나 자신을 죽여달라고 부탁했었는데 파스칼이 아직 살아있던 걸 보면 이때 A2가 기억을 삭제했던가 아니면 둘 다 하지 않았던 게 정사였던 듯.

[26] 이 부분이 바로 요르하 계획 뒷부분에 존재하는 벙커 백도어에 대한 복선인 셈.

[27] 참고로 게슈탈트 계획관련 데이터는 여기서 1~3번까지 획득 가능하며, 맵을 돌아다니다 보면 4~6번 데이터도 추가로 획득이 가능하다.

[28] 벙커가 파괴되었기에 안드로이드는 더 이상 새 의체를 찾을 수 없다. 즉, 이 시점부터는 사망하면 무조건 지난 세이브 포인트에서 다시 시작해야 한다는 것이며, 죽었던 위치에서 자기 시체를 루팅할 수도 없게 된다. 또한 사망한 다른 플레이어의 의체를 수리하면 아군 NPC화되는 게 아니라 논리 바이러스에 오염되었다는 설정으로 적이 된다.

[29] 감염된 요르하 기체들에게 받은 EMP공격으로 기능이 정지한 것이 원인인 듯 하다.

[30] 보통 거대한 게 아니라 그냥 '''월드 맵 전체'''의 스카이 박스가 이 녀석으로 변한다. 메뉴의 지도를 보면 혼자 하늘을 뚫고 올라가 있다.

[31] 말이 처치지 죽을 때까지 몇번이고 칼로 찔러 확인사살하는건 덤. 21O가 마지막까지 굉장히 비참하게 비명을 내지른다.

[32] 요르하 계획 자체가 처음부터 전부 파기해 버릴 목적으로 진행되었다는 점.

[33] 이로 인해 논리 바이러스에 감염되지만 스스로를 해킹하여 치료한 뒤 근접전 모듈까지 회복해낸다!

[34] 이 결함으로 인해 파스칼이나 숲의 왕과 같은 특이체가 나타나게 된다. 즉 다양성을 확보함으로서 모순의 해결책을 찾으려 한 듯.

[35] 니어 오토마타 공략설정자료집에 따르면 이 사람이 누구인지는 노코멘트라고 적혀 있다. 팬덤에서는 몇 가지 이유를 들어 전작의 주인공인 니어일 것이라고 예상하는데 자세한 것은 본 문서 마지막 기타 항목 참조.

[36] 수리 직후 바이러스에 감염되자 스스로를 해킹하여 치료하지만, 직후 포드가 말해주는 운동능력 회복 정도는 95%이다. 이미 복선이 깔려 있던 셈.

[37] 정확히는 C엔딩과 D엔딩 중 먼저 본 엔딩의 끝에 나온다.

[38] 더불어 E 엔딩 이후의 영상에서 2B와 9S가 나란히 누워있는 씬이 나오는데, 이때의 9S는 C엔딩에서 A2와 싸움 끝에 자신의 팔에 임시적으로 붙였던 2B 의체의 팔을 짤리고 다시 외팔이가 된 상태의 9S다. D엔딩에선 둘 다 죽긴 해도 9S의 승리로 끝나는 상황인지라 2B의 팔을 붙인 9S의 팔은 멀쩡한 상태로 죽기 때문에 이 또한 C엔딩이 정식인 것을 뒷받침하는 요소로 보인다.

[39] 엔딩 장면에서 포드가 잘려진 팔 하나를 들고 가고 있는데, 대화 내용으로 볼 때 파츠들을 모아서 2B, 9S를 수리하고 있었던 것으로 짐작된다. 굳이 다 수리된 모습이 아니라 팔 한 쪽이 잘린 모습을 보여주는 것 또한 이를 뒷받침한다.

[40] 이때 안드로이드의 본능대로 인간에 애정을 느끼며 괴로워하는 9S에게 A2가 자신들은 그렇게 설계되었다며 떨쳐낼 것을 외치지만 9S는 그럼 다 부숴버리면 그만이라고 받아친다. 감정의 격앙과 논리 바이러스의 영향으로 목소리에 노이즈가 끼는 것이 압권.

[41] A2는 쓰러지는 순간까지 9S를 공격하지 않았다. 9S가 지나치게 기세가 넘치다 보니 칼 위로 엎어졌을 뿐…

[42] 따라가는 선택을 고르면 '우리 요르하는 이 세계에 남아있을 자격 따윈 없으니까'로, 그만두는 선택을 고르면 '우리 요르하는 이 세계에서 사랑받을 자격 따윈 없으니까'로 뉘앙스가 미묘하게 다르다. 하지만 전자와 후자 모두 요르하 부대는 결국 이 세계(지구)에서 폐기될 운명이었다는 진실은 변하지 않으니 어느 쪽도 맞는 말이다.

[43] 따라가기로 선택했을 경우 9S의 의체는 A2와 함께 죽어 있는 채로 나오는데, 그래서 앞서 나온 비쥬얼 노벨 파트는 단순히 9S가 죽기 직전에 본 환상일 뿐이고 기계생명체는 당초 계획대로 달을 향해 로켓을 쏘는 데에 성공한 것이 아니냐는 의견도 존재한다. 물론 9S가 의체를 버리고 의식만 방주와 함께 떠난 것일 수도 있다. 주인공들이 안드로이드인 이상 의식은 곧 데이터이니 후자의 의견이 더 설득력이 있으나, 일종의 열린 엔딩인 셈이다. 그리고 E엔딩 이후를 다룬 낭독극에서 환상이 아니라 실제였음이 확정되었다.

[44] 진행중 파스칼의 기억소거를 하지 않고 죽였을 경우에는 빈 기계생명체 마을만이 비춰진다.

[45] 보통 C-D 순서로 보는 플레이어가 많아 D엔딩에는 이 장면이 없다고 오해하는 경우가 많은데, C엔딩보다 D엔딩을 먼저 보면 C엔딩이 아닌 D엔딩에 이 장면이 나오고 그 뒤 C엔딩을 볼 때 이 장면 대신 E엔딩으로 이어지는 분기가 나온다.

[46] 다만 위 항목대로 9S가 방주에 올라타서 포드가 신호를 못잡았다는 추측도 존재한다.

[47] 특히 A2와의 전투 초반에 이제 어떻게 돼도 상관없고 다 죽여버리면 어떻게든 해결될 거라면서 미친듯이 울부짖는 장면과 A2와 맞찌르면서 쓰러진 후 수십초 간이 백미.

[48] 정확히는 4번째 해킹이다. 해킹관련 칩을 하나도 안낄 시 4번 해킹해도 안죽는 경우가 생기는데 이때 5번째 해킹을 시도하면 다른 보스전에서 흔히 볼 수 있는 해킹 스테이지가 나온다.

[49] 쉽게 설명하자면, 데이터는 휴지통에 있으나, 완전히 삭제되지는 않은 상황. 이 경우 복원 기능을 이용하면 되살릴 수 있다.

[50] 처음엔 계속 데이터파기를 주장하지만 '''"너 역시 사실은 이들을 살리고 싶지?"'''라는 42의 물음(42는 데이터 복구를 요청하는 시점, 153은 이 물음에 답하는 시점에서 1인칭이 본기에서 각각 오레/와타시로 바뀐다.)에 가만 있다가 데이터복구는 굉장히 위험한 행위이고(미니게임 클리어 후 42와 153의 대화를 들어보면 42가 희생될 가능성도 있었던 것 같다-153의 대사로부터 '계획은 저레벨시스템에 보호됨으로 계획에 따르지 않는 -파괴아닌- 복구는 위험하다 실행한다면 우리의 자아 데이터가 파괴될 수 있다'고 알리는걸 봤을때 E엔딩의 미니게임 자체가 042로 데이터복구를 실행하면서 생기는 것) 우리들에겐 그럴 권리가 없다며 간접적으로 인정한다. 153 역시 주인공들에 대한 감정이 생겼던 것.

[51] 인류의 복제체인 레플리칸트에 자아가 생겼고, 이를 지키기 위해 만들어진 안드로이드도 자아가 생겼으며, 안드로이드들이 지원유닛으로 제작한 포드에도 자아가 생긴 것.

[52] 포드는 042-a,b,c, 153-a,b,c 각각 3기씩 존재하며 게임 내에서도 3기씩 취득할 수 있다. 이들을 모두 합해서 6기를 말하는 것. 실제로 A2와 9S의 처우를 이야기하는 UI에서 153과 042의 대화를 자세히 살펴보면 a,b,c 기체가 포드의 대화를 한 줄씩 따로 작성하면서 포드 하나의 의지를 통합하여 전하는 것을 알 수 있다.

[53] 처음에는 '계속하겠습니까?' 정도로 물어보지만, 계속될수록 '패배를 인정합니까?' '모두 의미 없는 것입니까?' '이것은 그냥 단지 바보같은 게임입니까?' 등 다양하게 플레이어에게 다시 시작하지 않을 수 없는 수준으로 몰어본다.

[54] 이 시점에서 엔딩곡의 보컬이 변화하면서 합창 버전인 End of Yorha로 서서히 변해간다.

[55] 직접 작성하는 게 아니라 단어를 선택하여 조합하는 형식인데 일본판 기준으로 종결부 선택문들이 하나같이 괴랄하다. ''''플래티넘 게임즈의 게임은 쿠소게다''''라던지 ''''게임은 집어치우고 현실로 돌아가라'''', ''''죽어라 요코오 타로''''(…)같은 말들이 있다.(…)

[56] 또한 당시 메시지의 어미에 나라 이름이 나왔는데, 이 나라 이름조차 PSN의 계정 등을 따라가는게 아니라 스스로 선택이 가능하다. 천국이나 지옥 등 이상한 나라도 선택 가능.(…)

[57] 타 플레이어의 지원이 들어온 시점에서 적의 공격에 당하면 탄에 피격된 커서가 소멸되며 '(플레이어 이름)의 데이터가 소실되었습니다'라는 메시지가 출력된다. 하지만 곧 다른 플레이어의 커서가 합세한다.

[58] 즉 따로 백업하지 않아도 스팀 아이디만 있으면 다른 컴퓨터에서 접속해도 세이브를 그대로 사용할 수 있다.

[59] 공교롭게도 1만년 전 현실에서는 일본 제국이 항복문서에 조인한 날인 제2차 세계 대전 종전일이다.

[60] 2B의 재기동

[61] 9S의 재기동

[62] 이 부분은 인게임 무기 중 하나인 '에밀 헤드'의 웨폰스토리에서 조금 더 자세하게 나온다. 12422년의 복제 에밀 중 하나가 검은 옷의 안드로이드를 만났는데 '''그녀'''는 복잡한 표정으로 에밀을 바라본다. 그러나 복제 에밀은 나뉘면서 기억이 날아가 그녀를 못 알아본다. 팬덤에서는 '그녀'라고 언급되었다는 점과 에밀을 알아보는 듯한 묘사를 보여주었다는 점을 근거로 이 안드로이드가 2B 혹은 A2라고 추측한다. 게임 상의 내용과 함께 생각해본다면 2B일 확률이 더 높을 것이다. 3회차에서 에밀이 A2 또한 아는 듯한 말을 하므로 A2일 가능성도 있긴 하지만 에밀 퀘스트를 통해 에밀의 진실을 알고 있는 2B가 자신을 기억하지 못하며 아직까지 남아 세상을 방황하고 있는 에밀을 보며 재회의 기쁨과 동시에 자신을 기억하지 못하는 슬픔을 함께 느끼며 복잡한 표정으로 바라보았으리라 추측된다. 또한 2B의 생존으로 9S나 A2의 생존의 가능성도 점쳐볼 수 있다.

[63] 2B와 9S는 논리 바이러스 감염 상태이나 탑의 붕괴 후 바이러스는 비활성화 상태다.

[64] 이때 2B의 정지시간이 1718시간이며 9S의 정지시간이 740시간이다. 즉 2B가 죽고나서 C/D엔딩까지 도달하는데 작중 시간으로 약 1000시간 쯤 걸린 것.

[65] 거리의 풍경을 바꿔놓을 정도로 탑의 붕괴 피해가 컸으나 레지스탕스 캠프는 피해를 벗어났으며 아네모네는 이런 상황에서도 흔들림없이 행동하고 있다.

[66] 요르하 타입 안드로이드는 기존 안드로이드와 달리 기계생명체로부터 유래한 블랙 박스 기술을 사용하고 있고 요르하 계획의 특성상 그 기술은 일반 안드로이드들에게 공개되어 있지 않다. 자아 데이터에 문제가 있다면 블랙 박스 내부의 데이터에 접근할 수 있어야 하는데 그 방법이 없는 것이다.

[67] 이는 D 엔딩에서 아담과의 대화는 9S의 환상이 아닌 실제 사건이었다는 뜻이다. 다만 정사가 D->E일 가능성은 낮은데, D에서 9S가 방주를 따라갈 것을 선택했다면 방주와 함께 떠났을 테니 9S의 재기동이 아예 불가능했고 따라가지 않았다면 탑 밑바닥을 파서 9S를 재생시키는 전개가 불가능하기 때문. 그래서 DE보다는 C엔딩에서 9S시점에서는 따로 방주와 통신하였으며 이때 동행을 선택했다고 보는 의견이 유력하다.

[68] 로그가 기록될 때를 기준으로 방주는 탑 속에 있는 로켓에 실려 있는 상태다. 아담과의 대화가 끝나고 방주를 실은 로켓이 발사된 뒤 탑이 무너졌으므로 로그에 기록된 위치는 방주의 발사전 위치인 무너진 잔해의 밑을 가리키게 되는 것이다.

[69] 정확히는 탑의 무너진 잔해

[70] POD 042를 담당한 야스모토 히로키씨가 이때 정비 불량에 의한 대미지 증가를 보고하며 적절한 수복 조치를 취하지 않으면 기체에 심각한 영향이 발생한다는 대사를 잘못 말하는 실수를 한다. 극 종료 후에 사과하며 말하기를 평소에는 감정을 억누르기 위해 아이 생각이나 야한 생각(?!)을 하면서 넘겼는데 실수로 긴장을 늦췄다가 눈물이 나오려고 하는 바람에 콧속이 수몰도시로 변했다고 한다. 이 부분은 NG가 난 부분이라 블루레이 출시 후 수정되었다.

[71] 니어 오토마타 공략설정자료집의 연표를 보면 11945년 9월 5일과 9월 19일에 검열된 표시가 있다. 바로 2B와 9S의 재기동일이다. 그런데 후술했듯이 원래 준비된 엔딩이 2개였다는 점을 감안하면, 해피와 배드 중 무엇이 정사인지 감추려고 검열표시를 했을 수도 있다.

[72] 자해를 한 것도 아닌데 블랙 박스에 이변이 발생하면서 기능이 하나씩 고장나기 시작한다.

[73] 이후 POD 153은 이때의 상황이 어떻게 된 것인지 알지 못한다고 하며 알 수 없는 외계인의 기술이 관여했을 거라고 얘기한다.

[74] 다만 데볼&포폴의 경우는 전작의 데볼&포폴이 대표가 되어 스토리가 진행되었을 뿐, 우리가 보지 못 한 다른 데볼&포폴들 또한 비슷한 흐름을 탔기에 인류가 멸망하게 된 책임도 있으므로 이 경우와 같다고 보기는 애매한것도 있다.

[75] 요코오 타로씨가 작년 홍보 방송에서 지나가는 얘기로 어린 남자아이와 여자들로만 이루어진 연극이나 연출해보고 싶다고 했는데 이 연극으로 결국 다 이루게 된 셈이다. 남은 것은 차기작 뿐.

[76] 편의상 이렇게 표기한 것으로 극중에서 모든 요르하 부대원은 숫자로만 부른다. 주로 21호라고 부르고 가끔 21호 S형 모델이라고 한다. 아직 Battle(-Type)가 아닌 Gunner와 Attacker로 나눠진 편제이므로 A2와 마찬가지로 S21이라고 부르는 것이 맞겠지만 편의상 숫자를 앞에 붙인다.

[77] 만약 이 가설이 맞을 경우 니어에게 있어서 무엇보다 소중했던 존재(요나)를 모방해 소녀의 모습을 취했을 가능성도 있다. 외형은 많이 다르지만.

[78] 전작의 사건 이후 데볼과 포폴에게 죄책감을 형성하는 프로그래밍을 넣었다는 백스토리를 보면 후회하는것은 단순히 허상일지도 모른다.

[79] 다만 데볼&포폴 자체가 인류를 지키는 중요한 임무를 맡은 만큼 인류가 멸망해버렸다는 것은 본작의 데볼&포폴 또한 결과적으로는 전작처럼 자기 구역의 임무에 실패한 것이므로 충분히 죄책감을 가질 수 있다.

[80] 후회하지 말라는 말이 9s에게 한말이 아니라 9s를 수행하던 포드 153에게 한말일 수도 있다. 데볼자매와 포드는 주인공들이 전말을 모르는 계획의 감시자였다는 점에서 역할이 같고, 포드들은 데볼&포폴과 다르게 계획을 뒤집어 자신들의 감정에 충실하게 행동, 후회를 면한다.

[81] 이브가 흑문병을 모방하려 했던 것처럼 인류의 여러가지를 모방하려는 시도로 볼 수 있다.

[82] 정확히는 멘탈이 완전히 나가버린 상태다. 자기들이 수호하고 있다던 인류는 절멸한 지 오래지, 그 사실에 접근했다고 안드로이드 시리즈는 죄다 미쳐버렸지, 2B는 죽었지, 탑에 접근하니 2B와 똑같은 얼굴과 외형을 한 2B 무리가 자기를 죽이려들지, 내부에 파고드니 참혹한 진실만을 연달아 알게 되지, 네트워크 개념인격은 9S의 존재의의를 가지고 조롱하지...

[83] 요르하 계획 자체는 입안자 본인도, 상위 조직도 이 세상에 없기 때문에 재시동이 불가능하지만 진상을 알게 된 인류군 소속 다른 부대가 괜찮은 발상이라고 여겨 그 뒤를 이를 수도 있고, 아니면 그 계획에 분노해 관계자를 처벌하려 들 수도 있고, 그렇지 않더라도 요르하 안드로이드의 블랙박스가 사실은 기계생명체의 코어였다는 사실만으로도 서로 적이 될 가능성은 충분하다.

[84] 애초에 DOD와 니어 시리즈는 이번 오토마타를 제외하고 하나같이 매니아들만 하는 평이한 망작들이었음에도 후속작이 꾸역꾸역 나왔다. 그런 마당에 예상을 깨고 좋은 수익을 올린 오토마타의 후속작이 제작되지 않는 게 더 이상하다.

[85] 단, DOD와 니어 시리즈 전체를 보면 요코오 타로가 제작한 게임들은 서로 연결은 되어있으나 그 연결점이 매우 약할 정도로 먼 시간 혹은 공간에서 이루어지는 이야기들이다. 당장 니어 시리즈만 해도 전작과 8000년이 떨어져 있는 이야기고, DOD1과 니어 레플리칸트를 보면 아예 세계관 자체가 다르다.DOD1의 주인공이 이세계 전이를 한 엔딩을 기반으로 니어 레플리칸트의 스토리가 진행되기 때문, 당장 모르는 사람에게 DOD1과 니어 오토마타가 이어져 있는 게임이라고 말하면 ??? 라고 반응할게 뻔할 정도로 떨어져 있기 때문에 오토마타도 후속작을 낸다면 얼핏 봐서는 완전 관계없는 게임인것 처럼 보일 정도로 다른 배경에서 이루어질 가능성이 높다.

[86] 사실 말이 자멸이지, 그냥 서로 무수한 개념인격이 서로 치고박는 걸로 끝난다. 결국 둘 중 하나의 결론은 생존한 것으로 보인다.

[87] 이 애칭(나인즈)은 9S가 먼저 불러달라고 간절히 요청한 것인데도 2B가 작중에서 직접 불러준 게 이번이 사실상 처음이자 마지막이어서 안타까움을 배가시키는 장치가 된다. 사실 그 이전에 부를 뻔한 적이 있긴 한데 숲의 왕국을 조사할 때 지나가는 소리로 한번 나인에스와 나인즈의 사이인 나인에즈 정도의 얼버무리는 말투 정도로 말한다.(진짜 지나가는 투로 말한거라 이나마도 9S는 "응!? 지금 저를 뭐라고 불렀나요?"하는 식으로 화들짝 놀랐다가 2B가 다시 9S라고 부르며 얼버무리자 잘 못들은 것을 굉장히 안타까워 한다.) 그리고 또다른 한번은 '''죽을 때.''' 이나마도 죽을 때의 상황이 하도 난장판이었고, 2B는 멀리서 작은 소리로 읊조리며 죽어간거라 이 애칭으로 불러주는 유언을 9S가 들을 수는 있었는지조차 불분명하다. 그리고 마지막은 추락한 2B의 기체안에 담겨져있던 메시지, 전부 정상적인 경로로 전달받지는 못했다

[88] 9S와 함께 보낸 나날들이 눈부신 빛과 같은 추억이었다고 이야기한다. 생전에는 감정적인 표현을 극히 절제했던 2B였기에 그녀의 사후에야 들을 수 있는 이 메세지가 더욱 서글프게 느껴진다. 트레일러 영상에도 이 음성이 들어있다.

[89] 자신이 모르는 어딘가에 2B의 의체가 돌아다니지 않아서.

[90] 사실 2B와 9S의 인연은 거슬러 올라가면 요르하 부대의 프로토타입인 베이스모델까지 이어진다. 베이스모델 9호가 2호를 졸졸 따라다녔다고 한다.

[91] 회상만 보려면 11분부터 보면된다.

[92] 실제로 게임내에서 포트의 사격과 레이저, 망치 스킬이나 2B의 차징 스킬, 9S의 해킹을 사용할 경우 아주 작은 글씨로 천사어를 볼 수 있다. 참고로 이 천사어는 니어 레플리칸트에서 백의 서 마법을 사용할때 나온다.

[93] 그 외에도 니어 레플리칸트에서 등장했던 마법들과 매우 유사한 형태의 포드 프로그램들이 많다는 것을 확인할 수 있다. dark wall 마법은 포드 프로그램의 R070 m 쉴드, dark execution 마법은 R050 spear, dark whirlwind는 R040 blade와 거의 사용하는 모습이 같으며, dark hand를 오마주한 R030 hammar나 dark phantasm과 R020 mirage 등을 확인할 수 있다.

[94] 오히려 마법을 썼다.

[95] 다만 참기도의 경우 구체적으로 마소의 (방사능 피폭과 같은) 영향으로 사망했다는 서술은 없었기에 뉘앙스만 그럴뿐, 확정적으로 말할 수도 없다.

[96] 요르하 부대 사령관이 진실을 안 9S에게 우리에게는 '''"사명이란 신이 필요하다."'''란 말을 한 걸 보면 적어도 부대 사령관은 기밀 사항인 것도 있지만 모든 진실을 알고 있었음에도 자신들의 존재 이유를 유지하기 위해 안드로이드들을 지속적으로 전장에 보낸 거나 마찬가지다.

[97] 이 부분에 관해선 본작에선 구체적인 설명도 없고 대 요르하 병기 처형자인 2B=2E와 몇차례나 싸웠는데 외피를 제외하고 대미지가 없었다는 프로토타입 A2 최강론에 이르게된다.(게임상에선 구현안되었지만 2B의 대 요르하 병기의 제압력은 요코 타로 공인 최강이다.) 더군다나 벙커의 괴멸도 모르는 시점에서 몇차례나 파괴한 2B 개체 중 바이러스에 골골대던 개체 하나를 위해 유지를 이어받는다는 모순이 발생. 일단 2B와 9S를 여러 번 파괴했다는 것은 오토마타 콘서트 낭독극 중 하나의 내용이고, 스펙으로는 2B가 A2보다 높다는 것은 전격 플레이스테이션의 요코오 타로 Q&A 답변이다. 9S와의 4번째 싸움에서 그동안 파악한 9S의 특성을 이용해 함정 프로그램을 설치해두는 등의 모습을 봤을 때 경험치의 차이에 기인한 것으로 보인다.

[98] 갑작스레 현대풍 도시와 함께 마소, 용들, 괴물들이 솟아오른 사건

[99] 블랙홀로 추정되는 것을 언급하는 책

[100] 呪いの元凶は「大災厄」の日。

[101] 이 웨폰스토리의 내용이 3회차에 등장하는 미래의 이야기를 서술한 것이라는 추측이 있지만 그렇지 않을 가능성이 더 크다. 일단 웨폰스토리에 과거가 아닌 미래의 이야기가 실릴 수도 있다는 건 본편으로부터 5세기나 뒤 이야기인 에밀 헤드 스토리를 봐도 알 수 있긴 하지만, 바꿔 말하면 미래의 이야기를 다룬 웨폰스토리가 하나가 아닌데 유독 4O식 전술창의 스토리만 콕 집어서 디렉터 본인이 직접 '''현실과 일치하지 않는 버그'''라고 언급할 이유가 없다. 굳이 언급하더라도 3회차의 사건 결과가 미리 기재된 것이라고 퉁치면 그만이다. 게다가 아콜이 관련되어 있다고 했는데 아콜이 상징하는 것은 단순히 과거로 돌아가거나 하는 것이 아니라 다른 시간선, 즉 평행세계까지도 관측하는 것이기 때문에 요르하 전멸에 휘말린 이야기가 전술창에 미리 실렸다기보다는 다른 시간선에서 전멸당한 이야기가 실렸다고 보는 것이 더 합리적인 결론일 것이다.

[102] 이를 참고하면 9S를 담당하던 오퍼레이더 210이 얼마나 9S를 좋아했는지 추측이 가능하다. 작중 내내 규칙,규범,효율을 중시하던 210이 9S와 같이 있고싶어서 그 규범을 깨고 B타입으로 개수했을 정도이니..아무리 B타입으로 개수했다지만 본질이 오퍼레이더인 만큼 제대로 전투효율이 나올지가 의문이기 때문.

[103] 인게임의 공격모션도 칼을 집어던지며 염동력처렴 조종하는 것이 대부분이고 본인이 직접 휘두르는 모션은 거의 없고, 공중공격도 공격하다가 공중점프로 캔슬 후 다시 공격하면 콤보를 처음부터 이을 수 있는 전투형 타입과 달리 9S는 캔슬하건 말건 공중에서 공격할 수 있는 횟수 자체가 제한되어 있어서 공중콤보를 많이 이을 수 없다.

[104] 2B 프롤로그 분대원으로 7E, 12H, 2B, 1D(분대장), 11B, 4B 활동하는거 보면 아주 특별한 보직은 아닌 걸로 보인다. 팬덤에서는 11B가 탈주계획을 짰다는 점과 결부시켜 7E가 11B 담당이었다고 추측하기도 한다.

[105] 디너쇼에서 요코타로가 한 발언에 의하면 E형타입은 그렇게 숨겨진 개체가 아니라고한다. 보통 부대와 함께 1명정도씩 투입된다고. 왜그런고 하니 전장에서 사망하거나 행동불능이 된 요르하 기체가 기계생명체에 넘어가서 정보가 탈취당해 곤란한 일을 겪었던 적이 과거에 몇번 정도 있었기에 정보유출을 방지하고자 투입된다고 한다. 오히려 단독으로 행동하는게 드문 일이라고. 사실 생각해보면 요르하 대원을 처형하는 게 본 임무인 E형이 단독으로 움직이는 건 앞뒤가 안 맞는다.

[106] 작중 사령관인 '화이트'는 요르하 타입 기체가 아니다. 사령부에서 파견한 일반적인 안드로이드이며 사막 캠프의 잭애스와는 잘 아는 사이로 알려져 있다. 문제는 사령관까지 처분 대상이라는 것이 SS랭크 기밀이라 마지막까지 벙커가 함락된 내막을 알지 못했다는 것이다.

[107] 때문에 몇 번이고 9S를 죽이는 가혹한 임무에 시달리면서도 적임자라는 이유로 보직 변경이 허락되지 않았다.

[108] 설정집의 Q&A에서 외계인의 침공 목적은 이주라고 밝히고 있으므로 외계인의 관심사는 일종의 테라 포밍일 가능성이 크다고 볼 수도 있다. 외계인의 관점에서 안드로이드는 테라 포밍 과정에서 방해가 되므로 지구 밖으로 쫓아내는 것도 하나의 해답이었을지도 모른다. 그러나 지구 밖으로 아주 도망간 것도 아니고 궤도기지를 기점으로 항전을 계속하는데 왜 그걸 방치했는지는 여전히 의문.

[109] 설정집에도 나오는 내용이지만 한가지 염두에 둘 점은 제14차 기계병기전쟁 전까지 있었던 안드로이드의 대규모 반격 작전은 제대로 된 성과를 얻지 못했다. 그나마 시리즈 공인 인류 최강 병기인 에밀이 활약하지 않았다면 수천년간의 저항은 커녕 침공 초기에 압도적인 전력차로 패전했을 것이다. 기계생명체의 구조가 에밀과 비슷한 형태를 갖는 등의 떡밥으로 유추해 보면 외계인에게 있어 안드로이드의 전략적 우선 순위는 에밀에 비해 상당히 낮았을 것을 짐작할 수 있다.

[110] 현실에서도 컴퓨터 보안체계가 작동하지 않을 경우 랜선연결만 해도 바이러스 폭탄에 감염되어 말그대로 영구적으로 시스템 손상을 입는데 해킹 중요성이 마법수준으로 올라간 니어 오토마타 세계관에서는 현실보다 심하면 심하지 덜하진 않는다. 당장 게임상에서 9S가 해킹으로 기계생명체를 몰살시키고 있다. 이게 방화벽이 동작하는 상태에서도 해킹이 저 정도 위력을 발휘하는데 보안체계가 완전히 노출된 상태라면 당연히 물리적으로도 몰살이 가능하다. 그러나 문제는 '''이 기지는 우주에 있다는 점'''이며 위성기지를 만든 이유를 생각해보면 모순적인 건 마찬가지다. 안전을 위해 위성기지를 본거지로 삼아놓고 백도어만 열면 전멸당한다는 것은 이상하다. 다만 백도어를 열자마자 논리바이러스가 침투한 것이 아니라 그 전부터 기계생명체의 소프트웨어가 벙커에 잠입해 있었음을 고려하면 처음부터 바이러스가 침투할 경로를 두되 이것이 벙커 내부로까지 침투하지 않도록 막아두었다가 때가 되었을 때 열리게 했다고 하면 일단 말은 된다. 실제로 침투 자체는 이미 했으니까.

[111] 요르하 부대와 관련된 사실로 지나칠 수 있는 부분이 있는데, '''기계생명체들의 코어(=기계생명체들의 부품)'''을 유용한 상황에서 백도어를 통한 침투가 다른 경우보다 더 쉬웠을 가능성이 있다. 현실에서도 특정한 사이트나 코드를 통해 랜섬웨어나 악성코드 등을 통해 보안체계를 무력화 하거나 시스템의 영구적 손상을 야기하는 경우도 있기 때문이다.

[112] '안드로이드를 섬멸한다'라는 근간 명령을 수행해야 하는데, 이 명령을 계속 수행하기 위해선 안드로이드가 완전히 절멸해서는 안 된다.

[113] 물론 지상기지가 없지는 않다. 기계생명체가 장악하지 않은 20%의 영토는 인류군의 거점이 되어 있으며 우주기지로 보급품을 보내는 장면도 있고 항공모함 같은 해상전력도 있으며 북부 방어본부 같은 기지도 언급된다. 그러나 문제는 결국 주 전력축은 우주기지인데, 벙커는 애초부터 부서질 것이 예정되어 있었으니 그렇다 쳐도 나머지 12개는 뭘 믿고 만들었는지 의문이라는 점이다. 상술했듯이 결국 기계생명체의 근간은 애초부터 우주에서 쳐들어온 이성인들인데, 그런 존재들을 상대로 우주기지를 12개나 만든 것은 상식적으로 위험한 짓이다. 적 전력을 지상에 억눌러 우주기지의 안전을 도모한다고 보기엔 애시당초 안드로이드 진영은 기계생명체에게 명백한 수적 열세 상황이라 불가능하다. 에밀조차도 그 점 때문에 자가 복제를 행했으니... 에밀의 복제 계기는 일단 침공해온 외계인의 UFO(alien ship, 모선) 수 자체가 많았기 때문이다. 이것은 니어 레플리칸트 드라마 CD에서 확인할 수 있다. UFO 자체의 화력 또한 막강하여 5024년 아메리카 대륙을 제압하여 기계생명체를 생산하기 전까지 외계인은 순수하게 자신들의 전력만으로 싸웠다.

[114] 나중에 발매된 미술기록집에서는 이러한 의문을 의식했는지 외계인이 어째서 우주 방면에 대해 공격이 없었는지 의아스럽다는 서술을 덧붙였다.