의 두 번째 스토리. 50화부터 97화까지 해당된다.
의 전생도 스리슬쩍 던져놓는 등 여러모로 중요한 스토리임에는 틀림없다. 그리고 이때부터 디스크가 보급되면서 시작 라이프 4000과 상급 소환에 제물을 바쳐야 하며 플레이어에 대한 직접 공격이 가능해 지는 등, 애니메이션의 룰이 OCG와 비슷하게 정립된다.
의 삼각 구도와 예측할 수 없는 전개는 많은 사람들을 쫄깃하게 만들었고, 듀얼리스트 킹덤부터 시작한 유희왕 애니메이션 인기는 배틀 시티에서 그 정점을 찍는다. 현재도 왕의 기억 편과 맞먹는 유희왕 DM의 최고의 에피소드로 꼽힌다.
'''회차'''
| '''제목'''
| '''각본'''
| '''콘티'''
| '''연출'''
| '''작화감독'''
| '''방영일'''
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'''배틀 시티 본션 편'''(2001년 - 2002년)
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50화
| 과거로부터 도전, 전율의 제라 (過去からの挑戦 戦慄のゼラ)
| 타케가미 준키
| 마타노 히로미치
| 마루야마 야스히데
| 2001.04.10.
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51화
| 부서진 천년 퍼즐 (砕かれた千年パズル)
| 마츠우라 조헤이
| 호소다 마사히로 (細田雅弘)
| 시마무라 히데카즈
| 2001.04.17.
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52화[2] 리마스터 배틀 시티 편은 여기서부터 시작한다.
| 잃어버린 왕(파라오)의 기억 (失われた王(ファラオ)の記憶)
| 소고 마사시
| 쿠즈야 나오유키
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
| 2001.04.24.
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53화
| 불꽃의 댄스 배틀 (炎のダンスバトル)
| 타케가미 준키
| 키타무라 마사키
| 스기모토 미치아키
| 2001.05.01.
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54화
| 이 도시는, 배틀 시티가 된다! (この町は、バトルシティとなる!)
| 요시다 신
| 츠지 하츠키
| 이와이 타카오
| 카가미 타카히로
| 2001.05.08.
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55화
| 구울즈 강습, 노려진 붉은 눈의 흑룡 (グールズ強襲 狙われた真紅眼の黒竜)
| 마츠우라 조헤이
| 쿠도 마사키
| 2001.05.15.
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56화
| 결투! 배틀 시티 개막 (激闘!バトルシティ開幕)
| 히시카와 나오키
| 호소다 마사히로
| 시마무라 히데카즈
| 2001.05.22.
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57화
| 역전, 연쇄 파괴 (逆転 連鎖破壊(チェーンディストラクション))
| 츠지 하츠키
| 마타노 히로미치
| 마루야마 야스히데
| 2001.05.29.
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58화
| 에스퍼 로바, 사이킥 덱의 공포 (エスパー絽場 サイキックデッキの恐怖)
| 마에카와 아츠시
| 쿠즈야 나오유키
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
| 2001.06.05.
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59화
| 용기 있는 도박, 돌아가라 룰렛 스파이더 (勇気ある賭け 廻れルーレットスパイダー)
| 키타무라 마사키
| 스기모토 미치아키
| 2001.06.12.
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60화
| 블랙 매지션 사용자 판도라 (ブラックマジシャン使い パンドラ)
| 타케가미 준키
| 츠지 하츠키
| 시미즈 아키라
| 츠나키 아키
| 2001.06.19.
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61화
| 영혼의 블랙 매직 (魂のブラックマジック)
| 마츠우라 조헤이
| 쿠도 마사키
| 2001.06.26.
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62화
| 마술사의 제자, 블랙 매지션 걸 (魔術師(マジシャン)の弟子 ブラックマジシャンガール)
| 호소다 마사히로
| 시마무라 히데카즈
| 2001.07.03.
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63화
| 복수의 함정, 폭주! 패러사이드 (復讐の罠 暴走!パラサイト)
| 요시다 신
| 마타노 히로미치
| 우치다 요시카즈 (内田義一)
| 2001.07.10.
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64화
| 강철의 기사 기어프리드 (鋼鉄の騎士 ギアフリード)
| 쿠즈야 나오유키
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
| 2001.07.17.
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65화
| 마리크 시동, 신의 콤보 (マリク始動 神のコンボ)
| 마에카와 아츠시
| 키타무라 마사키
| 스기모토 미치아키
| 2001.07.24.
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66화
| 오시리스의 천공룡 (オシリスの天空竜)
| 츠지 하츠키
| 와타나베 마사히코
| 카가미 타카히로
| 2001.07.31.
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67화
| 신을 뛰어넘어라! 궁극의 무한 루프 (神を超えろ!究極の無限ループ)
| 마츠우라 조헤이
| 쿠도 마사키
| 2001.08.07.
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68화
| 보이지 않는 적, 시 스텔스 II (見えない敵 シーステルスII)
| 요시다 신
| 호소다 마사히로
| 코바야시 잇코 (小林一幸)
| 2001.08.14.
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69화
| 전설의 피셔(어부) (伝説のフィッシャーマン)
| 마타노 히로미치
| 우치다 요시카즈
| 2001.08.21.
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70화
| 가면의 주박, 고층 빌딩 듀얼 (仮面の呪縛 高層のデュエル)
| 타케가미 준키
| 쿠즈야 나오유키
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
| 2001.08.26.
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71화
| 봉인된 신의 카드 (封じられた神のカード)
| 히시카와 나오키
| 키타무라 마사키
| 스기모토 미치아키
| 2001.09.04.
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72화
| 결속하라! (結束せよ!)
| 츠지 하츠키
| 와타나베 마사히코
| 츠나키 아키
| 2001.09.11.
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73화
| 오벨리스크의 거신병 (オベリスクの巨神兵)
| 마츠우라 조헤이
| 쿠도 마사키
| 2001.09.18.
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74화
| 유대 (絆)
| 야마자키 코지 (山崎浩司)
| 하라 켄이치
| 2001.09.25.
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75화
| 비정한 결투! 유우기 vs 죠노우치 (非情の決闘 遊戯VS城之内)
| 마에카와 아츠시
| 호소다 마사히로
| 코바야시 잇코
| 2001.10.02.
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76화
| 닿아라! 우정의 붉은 눈의 흑룡 (届け!友情の真紅眼の黒竜)
| 마타노 히로미치
| 미츠이 히사시 (三井 寿)
| 2001.10.09.
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77화
| 절망으로의 카운트 다운 (絶望へのカウントダウン)
| 츠지 하츠키
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
| 2001.10.16.
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78화
| 나를 공격해! 운명의 라스트 듀얼[3] SBS에서는 이 화를 마지막으로 조기종영 했다. 이후 분량은 챔프 등 대원계열에서 방영. (ボクを撃て!運命のラストターン)
| 키타무라 마사키
| 스기모토 미치아키
| 2001.10.23.
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79화
| 고스트 덱 vs 오컬트 덱 (ゴーストデッキVSオカルトデッキ)
| 요시다 신
| 쿠즈야 나오유키
| 와타나베 마사히코
| 카가미 타카히로
| 2001.10.30.
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80화
| 닌자 마스터 매그넘 등장했도다 (忍者使い(ニンジャマスター)マグナム見参)
| 타케가미 준키
| 마츠우라 조헤이 타키가미 타카히로
| 마츠우라 조헤이
| 쿠도 마사키
| 2001.11.06.
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81화
| 배틀 쉽 발진! (バトルシップ発進!)
| 호소다 마사히로
| 코바야시 잇코
| 2001.11.13.
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82화
| 천공의 퍼스트 듀얼! 유우기 vs 어둠의 바쿠라 (天空のファーストデュエル 遊戯VS闇の獏良)
| 마에카와 아츠시
| 마타노 히로미치
| 미츠이 히사시
| 2001.11.27.
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83화
| 죽음을 부르는 위저 보드 (死を呼ぶウィジャ盤)
| 츠지 하츠키
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
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84화
| 어둠을 부수는 신의 일격! (闇を砕け 神の一撃!)
| 키타무라 마사키
| 스기모토 미치아키
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85화
| 숨겨진 힘, 신의 카드의 비밀 (秘められた力 神のカードの謎)
| 타케가미 준키
| 쿠즈야 나오유키
| 와타나베 마사히코
| 츠나키 아키
| 2001.12.04.
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86화
| 죠노우치 vs 트랩 덱 (城之内VSトラップデッキ)
| 요시다 신
| 츠지 하츠키
| 마츠우라 조헤이
| 무토 키미하루 (武藤公春)
| 2001.12.11.
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87화
| 계승된 영혼, 사이코 쇼커 반격! (受け継ぎし魂(カード) サイコショッカー反撃!)
| 호소다 마사히로
| 코바야시 잇코
| 2001.12.18.
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88화
| 라의 익신룡을 소환하라 (ラーの翼神竜を召喚せよ)
| 마타노 히로미치
| 시마자키 카츠미 (島崎克実)
| 2001.12.25.
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89화
| 라의 분노, 일어서라! 죠노우치 (ラーの怒り 立て!城之内)
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
| 2002.01.08.
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90화
| 마이 vs 마리크, 어둠의 듀얼 (舞VSマリク 闇のデュエル)
| 키타무라 마사키
| 하라 켄이치
| 2002.01.15.
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91화
| 신의 카드를 빼앗아라 (神のカードを奪え)
| 쿠즈야 나오유키
| 와타나베 마사히코
| 카가미 타카히로
| 2002.01.22.
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92화
| 고대 신관 문자의 수수께끼 (古代神官文字(ヒエラティック・テキスト)の謎)
| 츠지 하츠키
| 히시카와 나오키
| 무토 키미하루
| 2002.01.29.
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93화
| 카이바 vs 여덟 번째 듀얼리스트 (海馬VS8人目のデュエリスト)
| 하야카와 타다시
| 호소다 마사히로
| 모토하시 히데유키
| 2002.02.05.
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94화
| 미래를 변하게 할 일격 (未来を変える一撃)
| 마타노 히로미치
| 하야마 준이치
| 2002.02.12.
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95화
| 밝혀지는 이슈타르 가문의 진실 (明かされるイシュタール家の真実)
| 요시다 신
| 미나미 야스히로
| 히라야마 히데츠구
| 2002.02.19.
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96화
| 어둠 대 어둠(마리크 vs 바쿠라) (闇 対 闇(マリク VS 獏良))
| 마에카와 아츠시
| 키타무라 마사키
| 하라 켄이치
| 2002.02.26.
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97화
| ONE TURN KILL (ONE TURN KILL)
| 츠지 하츠키
| 와타나베 마사히코
| 카가미 타카히로
| 2002.03.05.
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